1기생은 초기 공연 선발 16인과 선발이 아닌 6인으로 나뉘어져 있었는데, 이 공연 선발 16인이 팀 S가 되었다. 당시 홈페이지 프로필 메뉴에도 '공연 선발'과 '연구생'으로 나누어놓았는데 공연 선발 16명은 연구생을 거치지 않고 팀 S를 바로 결성했다고 볼 수 있다. 2기생은 팀 KⅡ 후보생이라는 이름으로 등장, 16명이 연구생을 거치지 않고 바로 팀 KⅡ를 결성하였고 나머지 멤버들은 연구생이 되었다. 3기생부터는 모든 멤버가 일단 연구생에서 출발해서 정규 멤버로 승격하는 시스템이 확립되었다. 3기생은 각 팀으로 쪼개져서 승격했으며, 4기생을 주축으로 한 팀 E는 2010년 연말 결성되었다.

2012년 8월 기준으로 팀 S에 공석이 세 자리, KⅡ에 한 자리, E에 세 자리나 생겼지만 빈 자리는 메꿔지지 않고 있다. 공석이 공석으로 남아있는 시간이 길어질수록 연구생들은 그저 초조할뿐. 참고로 SKE 측은 2012년 8월 신곡 발표시 선발 중 2명(마츠무라 카오리, 스가 나나코)을 연구생으로 채우는 실험을 단행했다. 문제는 AKB도 2012년 6월을 기점으로 팀 A에서 공석문제가 서서히 대두되고 있는 중.

2012년 8월 24일 키타하라 리에의 SKE48 겸임이 발표되었다.느낌상 왠지 아이치현이라는 이유인 거 같다 조만간 한 자리 메꾸게 될 듯 했으나...

2012년 8월 29일 원래 KⅡ 멤버였다가 강등당했던 키토 모모나, 이구치 시오리, 우치야마 미코토, 사이토 마키코가 다시 승격을 했고, 5기중에서는 스가 나나코, 후루하타 나오가 승격을 했다. 이로서 팀 S는 15명, 팀 KⅡ는 16명, 팀 E는 16명이 되었다. 팀 S의 나머지 한 자리는 겸임 멤버 키타하라 리에가 차지했다. 5기생 에이스였던 후루하타 나오가 승격하면서 팀 E는 상당한 동력을 얻었다.

2012년 연말부터 2013년 연초에 걸쳐서 10여 명의 멤버들이 한꺼번에 졸업을 하였다. 이에 따라 2013년 4월 13일 가이시홀에서 열린 'SKE48 봄 콘서트 2013' 첫날 공연에서 팀 개편을 발표했다. 4월 25일 'AKB48 그룹 임시총회' 첫날 공연에서 팀 개편 이후 첫 퍼포먼스를 선보였다. 4월 28일 2013 봄 인사이동에는 오오바 미나의 팀 KⅡ 겸임이 발표되었다.(키타하라 리에의 겸임 활동은 종료되었다.)

2014년 2월 24일 AKB48그룹 대조각축제 ~시대는 변한다. 하지만, 우리는 앞밖에 보지않아!~ 로 SKE48의 팀 구성에 많은 변화가 생겼다.

2015년 3월 26일 'AKB48 봄의 단독 콘서트 ~차기 총감독 아직 수행중~' 공연 서프라이즈 에서 일부 멤버를 제외한 대규모 겸임해제 발표와 동시에 종신 연구생이었던 마츠무라 카오리의 정규멤버 승격이 발표되었다.

2015년 11월 28일 SKE48 겨울 콘서트에서 이른바 7D2로 불리는 연구생들 중 일부 멤버의 승격이 발표되었다.

2016년 3월 4일 미야자와 사에 졸업 콘서트에서 사이토 마키코가 SKE48 캡틴으로 임명되는 것이 발표되었다.

2016년 11월 20일 SKE48 멤버 솔로 콘서트에서 7D2 연구생들 중 8명의 승격이 발표되었다.

2017년 10월 5일 7기생 2명과 8기생 5명의 승격이 발표되었다.

2018년 4월 28일, SKE48 콘서트에서 8기생 7명의 승격이 발표되었다.

2018년 9월 16일, 드래프트 3기생 4명 전원이 각 팀으로 승격되었다.

2020년 2월 15일, 「静岡エコパアリーナ(시즈오카 에코파아레나)」콘서트에서 마츠모토 치카코가 팀S 새 리더로 발표됐다. 그리고 9기생 7명이 각 팀으로 승격되었다. # #2

팀 컬러는: ■ 오렌지색 (Orange).

차세대 중심으로 이루어진 팀이다. 팀내 최고 고참 마츠이 쥬리나가 있지만 그녀 이외에 고참급 멤버는 2명에 불과하다. 쥬리나 빼면 4기가 최고참. 반면 7D2 이하의 멤버는 총 10명으로 고참급 멤버의 2배가 넘는다.

노지마 카노, 키타가와 요시노, 이노우에 루카 등 미래가 기대 되는 차세대 멤버가 많이 모여있는 팀이다.

팀 컬러는: ■ 적색 (Red).

SKE48의 팀 중 성적면에서 가장 뛰어난 팀으로 악수회, 총선거 가릴 것 없이 우수한 성적을 보여준다.
타 팀에 비하여 고참 멤버가 많이 있으며 7D2 이하의 멤버 비율이 가장 낮은 팀이다.

팀 컬러는: ■ 연한 청록색 (Light Sea Green).

2018년 현재 SKE48에서 가장 밸런스가 잡혀 있는 팀이다.
현재 성적도 괜찮으며 성장세가 좋은 멤버가 함께 포진해 있다.