MMD는 호환 모델 데이터의 제작 및 배포가 자유로우며, 그에 의해 수많은 제작자들이 미쿠 및 여타 캐릭터들의 모델 데이터를 만들어 배포하고 있다. 또한 개조가 가능한 모델의 경우 복장 등의 개조를 통해 2차, 3차 배포가 되기도 한다. 대표적인 예시가 Tda식 모델.

예전에는 PMD파일을 많이 사용했지만 거의 사라지고 있는 추세고, 현재 모델 데이터로 가장 많이 사용되는 파일은 PMX파일이다. 둘의 차이점이라면 PMX파일이 차세대 버전으로 더욱 많은 기능과 애드온을 지원한다. PMX 에디터[1]로 모델 편집이 가능하다.

하츠네 미쿠는 MMD의 대표 캐릭터인 만큼 바리에이션이 아주 많다.

동방프로젝트의 캐릭터들 또한 원작의 인기에 힘입어 다양한 모델이 제작/공개되고 있다.

니코동이나 디비언트아트 등을 뒤지다 보면 열도의 덕후들, 양덕들이 만들어 배포한 모델들을 많이 찾을 수 있다.

그 외에도 러키스타, 아이돌 마스터, 전국 바사라, Fate 시리즈, 몬스터버스, 픽사 등 유명한 애니나 게임,영화의 캐릭터 모델들이 계속해서 만들어지며 공개되고 있다. 심지어 코즈믹 브레이크에서는 제작사가 직접 MMD 모델을 만들어 배포하기도 했다.