대한야구협회에서 주최하는 대학야구대회의 하나로, 토너먼트 방식으로 진행된다. 비슷한 방식으로 진행되는 대회는 전국대학야구선수권대회, 대통령기 전국대학야구대회가 있다. 대회는 목동야구장에서 개최되며, 대학야구대회 중 가장 역사가 짧다. 대회가 창설된 2008년은 지난날 성인 아마추어 야구 최고 권위의 대회였던 전국종합야구선수권대회(구 백호기)가 마지막으로 열린 해로, KBO총재기는 2009년부터는 사실상 종합선수권을 대체하는 기능을 하고 있다. 2015년부터 대한야구협회장배로 바뀌었다. 2016년 대회는 9월 2일부터 12일까지 열릴 예정이었으나 대한야구협회가 관리 단체로 지정된 여파로 취소되었으며 앞선 4개 대회(춘계리그, 대학선수권, 하계리그, 대통령기)의 우승 팀과 준우승 팀(춘계리그와 하계리그는 2부 대학 우승 팀과 준우승 팀 포함)이 참가하는 왕중왕전, 나머지 팀들이 모여 치르는 한국대학야구연맹회장기로 분리되었다.

2017년 한국대학야구도 고교야구처럼 주말리그를 도입함에 따라, 7월 1일~10일에 전국대학야구선수권대회와 겸하여 강원도 횡성에서 개최하였다.