2018년 현재 89개로, 4,000여 명 남짓한 학부생 수에 비하면 상당히 많은 편이다. 중복 가입도 드물지 않으며, 심지어 세 개 이상의 동아리에 중복 가입한 사람들도 꽤 많다.[1] 그렇다고 이름만 걸어두는 것도 아니고 대부분의 동아리가 매우 활성화되어 있다. 아무래도 대전이 좀 심심한 도시인데다, 대다수가 타지 출신이라 기숙사에 거주하며 학교 안에서 살다시피하는 학생들이 대부분이라 그런 듯하다.

정동아리는 동아리방을 제공받으며, 동아리가 많다보니 동아리방들도 북측 구 학생회관이나 태울관, 장영신 학생회관 건물 등에 흩어져 있다. 특히 밴드 동아리는 연습으로 인한 소음 피해를 막기 위해 대부분 학생회관 지하에 모여 있다. 일명 지하동방이라 불린다.

VOK, ELKA, KAIST 오케스트라, 카이누리, KAIST 신문사 등은 공식적으로 동아리가 아닌 총학생회 산하 특별기구로 분류된다. 물론 학생들 사이에서의 인식은 여타 동아리와 크게 다르지 않다.[2]

2015년 11월에 기존 경영과학분과, 사회분과, 응용학술분과가 분과당 동아리수 불균형 등으로 인해 개편되어 해당 동아리들이 교양분과, 사회분과, 학술분과로 다시 나뉘어졌다 (MOKA의 경우 예술1분과로 이동하였다).

동아리들 중에는 통합되기 전의 ICU 소속이었던 것들도 있다. ICU와 통합된 직후에는 같은 주제의 동아리가 KAIST와 ICU에 모두 있을 경우 합칠 것인지, 아니면 방향성이 다르므로 따로 운영할 것인지 각각의 동아리들마다 논의가 있었다.

어느 대학이나 그렇지만, 유서깊고 규모있는 동아리들은 대부분 술과 관련된 별명들이 있다. 오케술트라, 여섯술 등등. 인피니트는 이름 자체가 주량 또한 성비가 불균일한 카이스트 특성상, 성비가 그나마 균형적이고 규모가 일정 이상 크며 분위기가 화목한 몇몇 동아리들은 연애 동아리라는 오명아닌 오명(?)도 있다.

참고로 아래 가동아리로 분류된 동아리들 중에는 신생이라 아직 정동아리로 등록되지 않은 것들도 있지만, 모종의 사유로 정동아리 자격을 박탈당해 가동아리로 강등된 것들도 있다.

학칙상 동아리는 아니지만 분류 문제로 본 문서에 함께 수록한다. 이들은 동방 재배치에서 제외되고 동아리료를 납부하지도 않으며, 활동에 따른 수고비를 학교로부터 받을 뿐더러 동아리연합회 소속이 아니고 될 수도 없기에 동아리가 아니다.

교양, 생활문화 관련 동아리들의 분과이다.

* T.pot

동적 예술 관련 동아리들의 분과이다.

정적 예술 관련 동아리들의 분과이다.

밴드 동아리들의 분과이다.

보컬 중심 음악을 주로 공연하는 동아리들의 분과이다.

특정 악기를 전문적으로 연주하는 동아리들의 분과이다.

자원봉사 관련 동아리들의 분과이다.

종교 동아리들의 분과이다.

구기스포츠 동아리들의 분과이다.

비구기스포츠 동아리들의 분과이다.

IT 기술 관련 동아리들이다. 대다수가 전산학과와 밀접한 관련이 있는 동아리들이다.

대학원 동아리연합회 소속의 동아리들이다. 대체로 서측 학생회관에 동방이 있다는 것, 그리고 외국 학생들을 위해 영어 명칭을 모두 보유하고 있다는 것이 특징.