1세대 게임(적•녹•청•피카츄)의 포켓몬들은 도감번호와 별개로, 실제 내부 데이터상의 번호가 따로 설정되어 있었다. 이 차이는 당시 오랜 개발기간동안 여러 포켓몬이 삭제 및 변경되가는 과정을 통해 생기게 된 것으로, 이를 도감번호와 별개로 색인번호(Index Number)라고 한다. 아래 리스트는 색인번호 순대로 1세대 포켓몬들을 정렬한 것.

해당 순서는 실제 포켓몬의 개발 순서와 거의 일치하며, 코뿌리가 최초의 포켓몬이라는 것도 여기서 번호가 1번인 것에서 처음 이야기가 나온 것이고 이후 공식적으로 인정된 바가 있다. 다만 이는 절대적인 순서가 아닌 것이, 삭제된 포켓몬의 색인번호에 후에 개발된 새로운 포켓몬이 들어가는 경우도 있었기 때문이다. 대표적으로 가장 마지막에 만들어졌으나 색인번호는 21번에 배치된 뮤. 1세대 포켓몬의 개발 과정에 대한 추측을 정리해놓은 사이트 190마리의 포켓몬 중 184마리를 확인할 수 있는 사진

이러한 도감번호와 색인번호의 차이는 2세대 이후 사라졌다. 이 때문에 타임캡슐을 통해 교환할 때 포켓몬의 색인번호가 설정에 따라 변화하게 된다. 아래 리스트에서 미싱노의 도감번호(백의 자리수가 2로 시작)는 2세대 소프트로 보내면 전국도감에 해당 번호가 찍힌다는 것. 당연히 개발 당시 도감번호와는 관계가 전무하다.

정식판에 반영되지 못해 색인번호만 존재하는 포켓몬들 중 마찬가지로 체험판에서 끝나버린 2세대 포켓몬과 겹치는 포켓몬이 상당히 많다. 진화 전 형태는 거의 다 이 범주에 속할 정도.

스프라이트가 채색+정면인 것은 최종판에서 출시된 포켓몬, 흑백+후면인 것은 삭제된 포켓몬이다.