기오르고스 칼라파티스(Giorgos Kalafatis)에 의해 1908년 2월 3일에 창단되어 1979년에 프로화된 그리스 축구 클럽이다. 'Panathinaikos'라는 이름은 'Athinaikos(아테네의)'에 'pan-(전부)'이 붙은 것으로 직역하면 '범(凡)아테네의'라는 뜻이다. 역사적으로 더 오래되었지만 후발 주자인 올림피아코스에게 가려진 2인자 팀이 되어버렸기에 두 팀 간의 경기는 영원한 적들의 더비라고 유명하다. 리그 역대 우승도 2위이다. 다만 자매 팀인 파나티나이코스 BC는 농구에서는 정반대로 올림피아코스를 2인자로 밀어내고 1인자이다.

비록 그리스에서 2인자라고 해도 100년이 넘는 오랜 역사와 같이 인기를 많이 가지고 있으며 그리스 클럽들 중 유럽 대항전에서 독보적인 성적을 냈다. 파나티나이코스는 UEFA 챔피언스 리그 8강에 3번, 4강에 2차례 진출했으며, 1971년에는 유러피언 컵 결승전까지 올라가면서 그리스 리그에서 유일하게 챔피언스 리그 결승에 오른 기록을 가지고 있다(AFC 아약스에게 0-2로 패하여 준우승). 참고로 이때 감독이 그 유명한 페렌츠 푸스카스였다.

하지만 그리스 리그가 듣보잡인 국내에서의 인식은 올림피아코스보다 낮아서인지 2010 남아공 월드컵 그리스 국가대표로 상당수로 차출된 멤버가 이 구단 출신이라는 정보가 언론을 통해 알려진 정도이다.

이 팀 서포터들이 자랑하는 점이 클럽 국제 유럽 대회에서 가장 성공적인 그리스 클럽 기록을 가지고 있다는 점이다. 1970-71 시즌 유러피언 컵(UEFA 챔피언스 리그) 결승에 진출해 준우승(AFC 아약스에 0:2 패)한 기록이 있기 때문이다. 그 밖에도 1984-85, 1995-96 시즌에 4강까지 진출한 경험이 있다.

2000년대 와선 리그나 국제 대회에서 올림피아코스에 가려진 면이 커서 올림피아코스 서포터들에겐 언제까지 과거의 영광에 매달려 있을 거냐는 비웃음을 받기도 한다. 일례로 2010-11 시즌 UEFA 챔피언스 리그 FC 바르셀로나 전에서 관광(2패/1:5, 0:3)당하기도 했다. 그러나 항상 어둠만 있었던 것은 아니다. 2008-09 시즌 UEFA 챔피언스 리그 FC 인테르나치오날레 밀라노를 상대로 스타디오 주세페 메아차에서 1-0으로 승리하는 이변을 일으키면서 16강에 진출하기도 하였다. 아쉽게 16강에서 비야레알 CF에게 패했다. 2004-05 시즌에는 아스날 FC, PSV 아인트호벤과 한 조가 되는 죽음의 조에서 이들 두팀과의 경기에서 1승2무1패[7]를 기록할 정도로 선전했지만 최약체였던 로젠보리 BK에게 당한 1무가 발목을 잡아 2승3무1패를 했음에도 아쉽게 탈락한 적도 있다.[8]

챔피언스 리그 32강까지 올라갔다가 3위를 기록하며 유로파 리그로 진출해 16강까지 간 올림피아코스와 달리 파나티나이코스는 챔피언스 리그 3차예선에서 덴마크의 OB 오덴세에게 1무 1패(3:4, 1:1)로 일찌감치 탈락하면서 더 대조를 보였다. 이전 10-11 챔피언스 리그에서는 32강까지 올라오긴 했지만 FC 바르셀로나와 루빈 카잔, FC 쾨벤하운에게 2무 4패, 2득점 13실점으로 탈락하는 굴욕을 당했다.

리그에서도 올림피아코스가 일찌감치 리그 우승을 2연패하는 것을 2년 연속 2위로서 지켜봐야 했다. 한편 시즌 도중 보드진들이 올림피아코스-파나티나이코스 더비전 훌리건 난동 이후 2달간 클럽이 운영자 없이 돌아갔다. 팬들이 합심한 결과 범아테네 연합(Παναθηναϊκή Συμμαχία)이 창설되었고, 7월 18일에 이 단체가 구단의 지분을 인수하여 클럽은 시민 구단주를 둔 구단이 되었다.

챔피언스 리그 플레이오프에선 말라가 CF와 격돌하게 되면서 1차전 원정 경기에서 0:2로 패배했다. 2차전 홈 경기에서는 0:0무승부를 거두면서 챔피언스 리그 진출은 실패하고 유로파 리그 48강에 진출해 SS 라치오, 토트넘 핫스퍼, MK 마리보르(슬로베니아)와 같은 조가 되었지만 1승 2무 3패 부진을 보이면서 3위로 탈락했다. 올림피아코스도 챔피언스 리그에선 조 3위로 탈락했지만 아스날 FC를 이기면서 유로파 리그 32강전이라도 올라갔기에 또 대조를 보였다.

리그에서 승점 2점이 감점되면서 25차전까지 35점으로 리그 6위. 라이벌인 올림피아코스가 무려 31점이나 앞서면서 일찌감치 리그 우승하는 걸 봐야 했다.

리그는 4위로 끝내 또 올림피아코스가 우승하는 걸 봐야 했다. 그나마 리그 플레이오프에서 2위를 차지해 챔피언스 리그 진출권을 따냈고 그리스 컵에서는 파오크를 4-1로 결승에서 제압하며 우승했다.

챔피언스 리그 플레이오프에서는 벨기에 스탕다르 리에주에게 1무 1패로 탈락하여 유로파 리그에 나가게 됐다. 하지만 48강 예선에서 5차전까지 1무 4패를 기록하며 조 꼴찌 확정과 같이 일찌감치 유럽 대회를 끝냈다.

리그에서는 9차전까지 5승 1무 3패로 5위를 기록 중이다. 그나마 막판에 추슬렀지만 결국 리그 2위를 차지, 2시즌 연속 2위로 만족해야 했다. 그리스 컵에서도 16강에서 크산티에게 1무 1패로 탈락했다.

챔피언스 리그 3차 예선에서 이번에도 벨기에 팀인 클뤼프 브뤼허 KV에게 0-3, 1-2로 패해 탈락하면서 유로파 리그조차 못 나가게 되었다.