에일리언 전쟁이 끝나고 2년 후, 결전의 땅이었던 전쟁터에 수수께끼의 공간 '나락의 도시'가 출현한다. 그곳은 '핀드(악귀)'라 불리는 섬뜩하고 잔인한 생물들이 광기에 가득 찬 세계였다. 혼돈 속에 나타난 인류의 무법자 5명... '로그 콥스(ROGUE CORPS)'. 아무리 봐도 정의로운 영웅 같지 않은 그들의 목적은 인류의 평화일까, 아니면 '나락의 도시'에 묻힌 일확천금의 보물일까? 어쨌든 세계의 운명은 그들에게 달렸다.
로그 부대
고집은 세지만 의지할 수 있는! 최강의 4명이 여기에 모였다!
카이저가 리더인 실력이 뛰어난 예거팀. 실력이 있는데도 운이 따르지 않아, 상금은 구경도 못 하고 항상 빚에 쪼들리고 있다. 범죄 행위도 마다하지 않는 예거가 많은 곳에서는 드물게, 불합리한 일은 맡지 않는 것이 신조이지만, 어떤 사정으로 군에 쫓기게 되는데…

• 카이저
  사이보그 히어로. 크리스 에반스가 모티브가 되어있다. 보조무기는 드릴 암 및 파일 벙커(파일 드라이버)가 장착되어있다. 로그 부대의 리더로 이전에 콘트라 부대를 이끌고 싸워온 엘리트 베테랑 군인. 하지만 어떤 사건으로 수배자가 되었다. 어린아이와 귀여운 동물을 좋아하며, 드릴 암과 파일 벙커을 매우 좋아해서 다양한 드릴 기술과 말뚝박기 기술을 모두 연구하는데 시간을 보내는 남자. 베테랑 받지 않게 나사빠진 모습을 보여줘서 팀원들의 질책을 사지만 그만큼 실력은 확실하고 인맥과 신뢰도 상당히 두텁다. 본명은 맥스 도일. 콘트라 더 하드 코어의 도일 사령관의 친척이라고 한다.
  

• 미즈 하라키리
  소드 아트 온라인의 아스나가 모티브가 되어있다. 본명은 스위츠 맨슨. 예전 에일리언 전쟁에서 초인적인 강력한 전투력과 저격 실력으로 아군, 적군 모두에게 두려움을 산 암살의 명수. 예전에 에일리언 전쟁에서 최강의 에일리언과 싸우다가 공멸했고, 살아남기 위해 에일리언과 융합, 흡수해 뱃속에 에일리언이 정착되어 있다. 그로 인해 수틀리면 힘을 개방해 폭발적인 전투력을 발휘할 수 있다. 그러나 완전히 에일리언을 억누른것이 아닌지라 평소에는 요검 무라마사로 찔러 에일리언을 봉인해두고 있다.
  

• 헝그리 비스트
  돌격형 사이보그 팬더. 본명 커트 스타이너. 원래는 과학자였고 뱅크스 박사와 함께 군의 신무기 개발에 종사하고 있었으나 좋지 않은 일이 생긴 것인지 스스로를 사망 처리 시키고 그 뇌를 자이언트 팬더형 사이보그에 이식해버렸다. 하지만 사이보그 보디의 영향으로 지능이 퇴화, 야생에 눈을 뜨게 되었고, 노래방과 폭발을 좋아하고 먹고 마시는 것 외에는 본능대로 행동하는 야수같은 무식한 양반이 되어버려 헝그리 비스트라는 별명이 붙었다. 말을 할 줄 몰라서 신음소리나 바디 랭귀지로 소통하며 그 때문인지 로그 부대의 멤버들은 말을 잘 알아듣지만, 다른 사람들은 이해하지 못해 이야기를 잘 안한다.
  

• 젠틀맨
  외계인. 인간에게 포획되어 실험을 위해 길러진 브레인 버그 타입의 에일리언이다. 흉악한 외양과는 달리 매우 신사적인 행동과 매너를 중시하는 성격이고 차와 꽃곷이, 혼란스러운 상황에서도 태연한 모습을 보여줘서 젠틀맨이라는 이름이 붙었다. 원래 나비 유충같은 형태라서 움직임이 느리지만 그것을 고성능의 의수와 의족을 장착하는 것으로 해결하고 있으며 결벽증이 있다.
  상기했듯이 원래는 나비유충 같은 형태로 동작이 느릴 수밖에 없지만, 고성능의 의수와 의족을 장비하면 민첩하게 움직일 수 있다.
  

• 에어로 캡틴
  

• 오프닝 BGM
  What Is This Place? (슈퍼 콘트라(아케이드) 오프닝 화면)
  

• 스테이지 1 BGM
  Thunder Landing (슈퍼 콘트라(NES) 1스테이지 BGM)
  

• 게임 오버 BGM
  GAME OVER (슈퍼 콘트라(NES) 게임오버 BGM)