2016년 초만 하더라도, 대세 스킬은 투수의 경우 에이스, 타자는 레전드 였다. 대부분의 유저들은 자신의 선수들을 '에이스/레전드 + 다른 2스킬'로 채우고, 이를 진리의 <에잡잡>, <레잡잡>으로 불렀다.

하지만 2016년 12월, 코치 시스템 추가 이후 전반적으로 선수들의 오버롤이 크게 상승했다. 이로인해 단순 스탯 증가 스킬보다는 효율성 스킬이 가미된 선수들이 랭킹대전에서 더욱 활약한다는 유저들의 실험 결과가 밝혀지면서, 고유 능력에 대한 평가는 큰 변화를 맞았다.
또한 스킬 버프(캡틴,전력투구,수호신 같이 경기 중에만 적용되는 스킬에 의한 버프는 제외)에 따른 능력치가 너무 높아 코치 리미트[1][2]를 넘어버리면 코치효과를 못받기 때문에 스탯이 워낙 낮아 버프가 필요한 선수가 아니라면 100% 추천하기 어려운 스킬이 되었다,

2017년 9월 기준, 상위 랭커들은 에이스 및 레전드보다 효율 스킬로 스변을 많이 시도하고 있다. 특히 배팅머신, 예지력, 언터처블, 끝판왕의 경우 수많은 유저들의 데이터와 제보를 통해 자동 플레이시 큰 효과를 볼 수 있는 것으로 나타났다.

다만 기본 스탯(정파선[3] 혹은 제구위[4])이 너무 낮은 선수들의 경우, 효율 스킬로만은 효과를 보기 어려운 경우가 많으니 어디까지나 기본 스탯이 높고, 자팀 감독 혜택의 받고 있는 선수의 경우에 해당하는 것임을 명심하자.

흔히 유저들이 원하는 효율 조합이 타자는 예배+@(예지력/배팅머신,매의눈등), 투수는 언끝+@(언터처블/끝판왕/결자해지, 이닝이터 등)이다. 이중에 두개 이상 나오기 힘들고(사실 하나 나오기도 힘들다), 또 나오게 하려고 무수히 스변권을 산 유저들이 많다.

현재 타자는 예지력, 스프레이히터, 배팅머신의 평가가 가장 높고 투수는 언터처블과 끝판왕, 이닝이터(선발투수)[5]의 평가가 가장높다. 특히 예지력, 언터처블은 흔히 말하는 원옵션으로도 꽤나 좋은평가를 받을정도. 사실 저 4가지 스킬들중 하나라도 없으면 좋은평을 받지 못하는 실정이다.

레전드 등급이 등장하며 투수 타자 각 3종, 총 6개의 레전드 전용 스킬이 공개되었는데, 이중 이벤트로 무료 지급된 정민철 카드를 통해 연구가 이루어진 결과 캡틴은 투수진 전체의 스탯을 올려 안정감을 제고한 반면 라이징 패스트볼은 성능이 애매하다는 평이었으나. 후에는 탈삼진 능력 향상 및 범타유도에 효과적이라는 평으로 기존 투수 최상 스킬인 언터처블을 능가한다고 보는 편.

2020년 6월 기준 레전드 스킬 제외 최강은 타자는 예지력, 스프레이히터, 배팅머신이며 투수는 언터처블, 이닝이터, 끝판왕이다. 마무리의 경우 이닝이터 대신 수호신, 중간계투는 이닝이터, 수호신 대신 결자해지, 피칭머신, 투지등이 유효하다.

주로 레전드or플레급 스킬이 효율이 좋기 때문에 그 외의 등급의 스킬이 상대적으로 효율이 떨어지는 것처럼 보이지만 그 중에 상급 스킬과 조합 시 시너지를 내는 스킬들이 주목 받고 있다. 대표적으로 타자는 매의 눈, 득점 기계, 참을성, 테이블세터, 좌,우완 킬러 등이 있고 투수는 위기극복, 노련함, 좌,우타 킬러, 피칭머신, 전력투구 등이 있다,

2020년 상반기 업데이트로 시그니처 카드 각성 시스템이 등장했다. 특이점 중 가장 눈에 띄이는 건 시그니처 각성이 된 카드는 플레티넘 등급의 고유능력을 A급 보다 한 단계 높은 S급[6]으로 강화할 수 있고 기존의 가능한 스킬강화횟수가 6번에서 7번으로 늘어난것이다. S등급의 효율이 A등급과 천지차이이기에 덕분에 유저들의 시그니처 도전이 늘었고 2옵 이상의 플레스킬을 찍은 뒤 모두 S등급으로 만들기 위해 필요한 고유능력 추가 강화권의 인기가 높아졌다.

2020년 9월 업데이트로 신규 레전드 스킬로 슈퍼스타가 추가되었다. 캡틴처럼 투, 타 공통 스킬이며 출루 주자 수에 따라 질 좋은 타구 생성율이 비례(타자) or 반비례(투수)하는 효과이다. 타자 스킬인 득점 기계, 투수 스킬인 노련함, 위기극복, 결자해지의 상호 호환 스킬로 평가받는 편. 하지만 언급한 기존 스킬과 달리 주자의 유무에 따라 발동하는 것은 아니기 때문에 주자가 없는 상황에서도 발동한다는 점이 숨겨진 특징이다. 다만 그 효율이 주자가 있을 때 만큼은 아닐 뿐.

추가로 시그니처 카드만 가능했던 플래 스킬 S 강화가 레전드카드도 가능해졌고 기본 강화 횟수도 7회로 늘었다.
시그니처의 등장 및 S급 스킬의 효율로 인해 레전드의 효율성에 대해 꾸준히 문제 제기되었는데 이제 레전드도 강력한 S급 스킬(예지력, 스프레이히터, 언터처블, 이닝이터, 끝판왕 등)을 달 수 있게 되자 레전드 카드의 위상이 떡상했다. 다만 밸런스를 고려해 레전드 스킬의 S 강화는 불가능하다.

기존의 '레전드 + 훈련중독'으로 대표되던 진리 스킬들에 배팅머신[7], 예지력이 재평가되면서 진리 스킬로 취급 받기 시작됐다. 이후 예지력이 투구 궤적 파악 외에도 선수 출루율에 지대한 영향을 미친다는 실험 결과가 나오면서, 주가가 오르고 있다.[8]

추천 투옵션: 배팅머신, 예지력, 스프레이 히터 중 택2

기존의 '에이스 + 국보투수'로 대표되던 진리 스킬들에 언터처블, 끝판왕, 결자해지가 재평가되면서 진리 스킬로 자리매김했다. 특히 끝판왕은 상대 타자 능력치 외에도, 주자의 주력도 감소시키는 동시에 주루사/도루자를 유도하게 되면서, 주가가 마구 상승중이다.

추천 투옵션: 언터처블, 끝판왕, 결자해지 중 택2

2017년 9월 11일 기준, 변화구 능력치를 올려주는 마구연마, 피칭머신 스킬이 효율 스킬(끝판왕 혹은 언터)과 합쳐졌을 때 시너지 효과를 발휘한다는 제보가 상위 랭커 사이에서 돌고 있다. 다만 정설은 아니므로 참고 정도로만 이해하자.

추가로 2019년 4월 말 경에 MLB 버전인 9이닝스 프로야구 내의 투지, 이닝이터 스킬의 효과가 변경된 영향에 따라 국내 컴프야 내의 투지, 이닝이터 스킬이 업데이트되었는데, 이닝이터는 기존의 삼진을 잡을 때마다 체력을 회복하는 스킬에서 체력에 비례하여 범타 유도율이 올라가는 스킬로, 투지는 체력이 30% 이하일 때 능력치를 올려주는 정말 쓸데없는 스킬에서 출루에 성공한 타자를 상대할 때 범타 유도율을 높여주는 스킬로 변경되면서 그야말로 도금 스킬에서 개떡상했다. 이닝이터의 패치와 더불어 체력 능력치가 재평가되고 선발 투수 필수 스킬로 자리잡고, 투지는 새로운 불펜 투수 추천 스킬로 자리 잡았다.

하지만 이닝이터는 국내판에만 선발투수로 등판 시에만 발동하는 제약이 걸려있어(먼저 업데이트된 MLB판은 제약 없음) 또 다시 MLB판과의 급 나누기 및 차별 논란이 일었다.

투수의 경우 보유 구종의 등급 상승과 관련된 스킬이 주목받고 있다. 당연히 등급이 높을 수록 자플이든 손플이든 좋은 효율을 보이며 투수의 보유 구종의 종류와 등급(S급~D급)이 선수 평가에 따라 투스 맘대로 매겨진다. 구종 등급을 올리기 위해서는 강화, 스킬, 세트덱 등을 통한 직구/변화구 능력치의 상향이 중요한데, 어느 등급에 이르는 능력치 컷을 소위 '등급컷'이라 한다. 예를 들어 어느 투수는 변화 65에서 슬라이더의 등급이 c가 찍히지만 변화가 70이 되면 슬라이더 등급이 B가 된다했을 때 그 투수의 슬라이더 B 등급컷은 70이 된다. 역시 이 등급컷 또한 선수 태생에 따라 다르다.[9] 등급컷이 낮을 수록 구종 등급을 올리기에는 유리하다.
저격수, 결자해지, 레전드, 셋업맨, 수호신 같은 능력치 상향 스킬은 능력치를 올려줄 뿐만 아니라 이 등급컷을 낮춰줌으로써 구종 등급 상향에 영향을 준다는 연구 결과가 나와 주목받고 있다.

코치 스킬 및 누락된 스킬은 이곳을 참고할 것.

스탯 관련 고유능력은 경기 안에서든, 게임 전체에서든 스탯의 영향을 주는 고유능력이다.
그 효과는 고유능력의 종류, 등급에 따라 다르며, 등급이 높아질수록 효과가 좋아진다.
이런 고유능력들은 등급별로 아래 표와 같은 효과를 받는다.

확률 상승형 고유능력은 경기 내에서 적용되며, 스탯에는 직접적으로 영향을 미치지 않는다. 어떤 사건이 일어날 확률을 올려주거나, 스탯에 보이지 않는 효과를 부여하기도 한다. 이런 고유능력들은 등급별로 게임 내에 적용되는 확률이 밝혀지지 않았으므로, 인게임내 설명만을 참고한다. 대표적인 스킬로 투수는 언터처블, 타자는 배팅머신이 있다.