가이난 쿠카이 (ガイナン・クーカイ)
성우는 야마데라 코이치/타카하시 미카코(유년 시절).
성단 연방 밀치어 자치구에 속한 특수 재단 '쿠카이 파운데이션'의 대표이사. 정식명칭은 U.R.T.V 개체 No.669 니그레드. 애칭은 니그레드.
주니어를 감시, 말살하는 것을 목적으로 하고 있었지만 데미트리 유리에프에 반발해 그를 죽였다. 하지만 이후 그의 후체가 된다.

데미트리 유리에프 (ディミトリ・ユーリエフ)
성우는 사카 오사무.
원 성단 연방 추밀원 의원으로 주니어 나 가이난 쿠카이 일행에게 U.R.T.V의 유전자를 제공했다.
사망한 것으로 알려졌으나 밀치어 주역의 국소 사상 변이 사건에 가이난 쿠카이의 몸을 빌어 다시 태어났다. 데미트리나 U.R.T.V는 다른 사람의 몸으로 그 의식을 옮기는 능력을 가지고 있어, 그 능력을 이용해 살아가고 있다.

독투스 (ドクトゥス)
성우는 박로미.
반 U.M.N 의 이상을 내걸고 움직이는 지하 조직 스키엔티아의 에이전트.
에피소드 2와 3 사이에 일어난 그노시스 테러를 계기로 시온 일행들과 알게 된다. 그 몸은 안드로이드이며 진짜 그녀의 정체는 아무도 모른다.

미유키 이츠미 (ミユキ・イツミ)
성우는 우와가와 에미/헤더 호건.
시온의 후배. 덜렁거리는 성격이라 시온에게 자주 갈굼(?)을 받는다.
시온이 주로 사용하는 무기는 그녀의 발명품의 하나.
캐릭터의 성격과 의외로 거유인 점에 재미있는 말투 때문에 부연 캐릭터임에도 나름 인기가 있다.

미즈라히 일가

세시리아
트랜스제닉(Transgenic) 타입의 레어리안. 페브로니아의 여동생으로 알려져 있지만 사실은 그녀의 클론이다. 애칭은 세실리.
그녀와 카타리나는 밀치어 사건 이후의 기록은 소멸되었다. 두 사람의 신체는 말 그대로 거의 최소한의 생명 유지 장치만이 유지된 채 오리지널 조할을 지키고 있다.

쉐리 고드윈 (シェリィ・ゴドウィン)
성우는 타카다 유미(게임판)/야마자키 와카나(애니판)
메리 고드윈과 같이 라이프 리사이클에 의해서 태어난 변이체. 메리와는 대조적으로 조용한 성격이지만 여러가지 잔소리를 하게되면 화를 내는 경우도 있다.

스오우 우즈키 (スオウ・ウヅキ)
성우는 나카타 카즈히로.
시온 우즈키, 진 우즈키의 아버지, 연방을 배반한 것으로 알려져 있으나 실은 UTIC 기관의 정보를 연방에 소속된 아들 진 우즈키에게 흘리고 있었다. 아내 아오이 우즈키를 실험체로 내세운 건 딸인 시온 우즈키도 같은 병증을 가지고 있었기 때문이다.
어릴 적 시온을 감싸고 사망.

스콧트쿤 (スコットクン)
성우는 나카이 카즈야(게임판)/카네코 히데히코(애니판).
하카세의 조수. 제노사가 에피소드 1 힘으로의 의지에서 하카세의 실험에 의문을 가지고 탈주했다가 다시 합류했다.

시트린 (シトリン)
성우는 미즈시로 레나.
U.R.T.V 개체 No.668 여성형 U.R.T.V로 데미트리를 수행하고 있다. U.R.T.V 로서의 능력은 가이난 쿠카이와 같으나 데미트리의 몸이 될 수 없는 점은 다름. 가이난 쿠카이과는 과거 친밀했던 사이.

아이젠 메이거스 (アイゼン・メイガス)
성우는 타나카 노부오.
마이 메이거스의 조부. 밀치어의 다브리 광산에서 살고 있다.

아오이 우즈키 (アオイ・ウヅキ)
시온 우즈키, 진 우즈키의 어머니. 우두우와 접촉한 것을 원인으로 혼수 상태가 된다.
이런 혼수상태에서도 조할이나 우두우와의 액세스 능력이 강했는데 특히 아오이 우즈키, 시온 우즈키의 경우는 특히 강했다.
폭주한 아스라 27식에 의해서 참살.

앤드류 체렌코프 (アンドリュー・チェレンコフ)
성우는 에가와 히사오.
성단 연방군 해병대 중령겸 UTIC 기관의 공작원, 보크린데 그노시스 습격 이후 시온들과 행동을 하고 있었으나 후에 그노시스 화 되어 시온 일행들을 덮친다.
KOSMOS 아키타입 폭주 사건 방아쇠를 당긴 남자이기도 함.

케빈 위니코드 (ケビン・ウィニコット)
성우는 이시카와 히데오(게임판)/나가토 료헤이(애니판).
시온의 선배 상사이자 연인이었던 인물. U-Tic 기관시절 요아킴의 조수로 근무하고 있었으며 이때 이미 KOSMOS의 이론을 완성시켰다. KOSMOS 아키타입 폭주 사건때 시온을 감싸고 사망하였으나 빨강의 테스타먼트로 부활하여 시온과 KOSMOS를 감시.
그를 움직이고 있는 건 시온을 생각하는 마음에서였지 빌헬름에게의 의리 혹은 충성심과는 거리가 멀었다. 탑승 E.S는 유다.

키르쉬바서 (キルシュヴァッサー)
성우는 히로하시 료(애니판).
M.O.M.O. 개발 전 데이터 수집을 목적으로 제조된 관측용 레어리언. 사실상 M.O.M.O. 개발의 실험체라고도 할수 있다.[2] 제노사가 에피소드 1 힘으로의 의지에선 별다른 활약은 없고 제노사가 에피소드 3 짜라투스트라는 이렇게 말했다에서 시온 일행들과 소통하는 이벤트 그리고 알베도 피아졸라와의 의존관계 등이 언급되게 된다.

페레글리(ペレグリー)
게임판은 하라 에리코, 애니판은 야마자키 와카나가 성우를 담당.
오르무스 이단 심문관중 한명. UTIC 기관및 오르무스 지휘를 맡아 마그리스를 보좌하고 있다. 이전에는 진 우즈키의 연인이었던 것으로 보이며 탑승 E.S는 이사칼. 제노사가 에피소드 3 짜라투스트라는 이렇게 말했다 에서 진의 탈출 권고에도 불구하고 기체와 함께 폭사.

하카세와는 보로메오 대학 시절부터 라이벌. 모든 엘데카이저를 넘는 궁극의 엘데카이저 Σ를 완성시키지만 완성 직후 이 세상에 돌아오지 않는 사람이 되고 만다. 그의 유지는 그가 애지중지했던 애완동물 코코너츠 자르가 잘 승계하는 듯 싶었으나 그건 아닌 듯.
제노사가 에피소드 3 짜라투스트라는 이렇게 말했다에서만 등장. 블랙 하카세와의 전투후 엘데카이저 Σ를 얻을 수 있는데 이 게임 최고의 사기 유닛.

헬만 (ヘルマン)
성우는 미키 신이치로.
오르무스 이단 심문관중 한명, 탑승 E.S는 요세후 극중에서는 일찍이 머슈즈 소속의 성단 연방군 해병대 소속이었으며 고어를 쓴다.
그의 가계가 오래전부터 리하트르트의 가신이었으며 그도 어릴적부터 리하르트를 섬기며 충성을 맹세하고 있다.

헬머 (ヘルマー)
성우는 이케다 마사루(게임판)/이나다 테츠(애니판).
제2 밀치어 자치 정부 대표 의원.원성단 연방군중장으로 한 때 진 우즈키의 직속의 상사.
시온 일행들의 일을 몰래 보조하고 있으며 쿠카이 파운데이션과 긴밀하게 협조하고 있다.