미크로네시아 연방과 일본의 관계. 미크로네시아 연방은 남양제도시절에 일본의 통치를 받았다. 현재에도 일본은 미크로네시아 연방을 경제적으로 지원하고 있고 문화적으로도 미크로네시아 연방은 일본과 가깝다.

제1차 세계 대전도중에 일본은 미크로네시아 지역을 점령했다. 그리고 이후에 미크로네시아는 남양제도의 일부로 일본의 통치를 받았다. 일본은 남양청을 설치하면서 미크로네시아를 통치했다. 기본적으로 위임통치령이었고 통치에 대해 국제연맹에 보고해야 하는 의무가 있었기에 통치는 비교적 완만한 편이었다. 교육에 있어서 일본인들은 일본 본토와 같은 교육을 받았지만, 원주민들은 교육에 일부 제약이 있었다. 한편 일본인들(대체로 오키나와 출신)이 이 지역으로 대거 넘어오기도 했고 남양농업이민이라 해서 조선인도 소수 유입되었다. 제2차 세계 대전 이후에 일본이 패한 뒤 미크로네시아는 미국의 신탁통치하에 들어갔다.

미크로네시아의 신탁통치는 90년까지 이어졌다. 85년에 독립을 추진했고 90년에 독립국이 된 뒤, 일본과 공식 수교했다.

미크로네시아 연방의 노년층은 일본어를 할 줄 아는 경우가 있고 일본어에서 유래된 어휘가 현지에서 자주 쓰이고 있다. 일본도 미크로네시아 연방을 경제적으로 원조하고 있다.

미크로네시아 연방에도 일본계가 거주하고 있다. 초대 대통령인 매니 모리 전 대통령은 일본계였다. 또한, 일본의 상임이사국 진출을 지지하고 있다.