개교한 2011년 3월 당시 건너편에 위치한 동명의 초등학교가 완공되지 않아 학부모들의 건의로 학기초에 초등학생들이 학교를 함께 사용했다.

1995년생이 1회 입학생이었지만 2학년에 20여명의 전학생들로 구성된 학급이 만들어지면서 22명의 학생들이 1회 졸업생이 되었다.

초은고라는 이름은 바로 건너편에 위치한 동명의 초등학교 이름 공모전에서 선정된 이름으로 '초롱초롱 은은한'(...)이라는 뜻이다.

원래는 남자고등학교로 개교할 예정이었으나 이름이 여성스럽다보니 함께 개교예정이던 인근 고등학교와 성별이 바뀌었다. 덕분에 남고인 줄 알고 온 선생님들이 계셨다고.

자연이공계열에는 진로특화계열인 화생명공학계열이 개설되었다. 2015학년도 입학생까지는 1~5반이 문과, 6반이 화생명공학, 7~10반이 이과였지만 2016학년도 압학생들부터 화생명공학반은 10반으로 밀려나게 되었다. 이들은 진로특성화반인 만큼 소수정예로 유지되며 타반 학생 수의 약 2/3인 24명이 한 반을 이룬다. 예외는 항상 있기 나름이지만 보통 화생반 학생들이 이과 학생들보다 성적이 우수하다고 한다. 교내 대회 수상자 현황에서도 화생반 학생들이 월등하다고.

거의 모든 자연계 학생들이 고등학교 2학년 때 미적분과 확률과 통계를 병행하여 이수하지만 초은고의 경우 고등학교 3학년 1학기동안 확률과 통계, 기하와 벡터 진도를 동시에 나간다. 이에 따른 불만이 거세지만 개교 이래 한 번도 이러한 커리큘럼이 바뀐 적이 없다가 2018년도부터는 2학년 때 미적분과 확률과 통계를 병행하여 수업하기 시작했다. 2020년도부터는 2학년은 기하를 배우고 3학년은 확률과 통계를 배우게된다

2019년 신입생들은 2학년 때 고전읽기,기하(교과),실용영어중 1개를 1년동안 배우게된다.

과자와 빵을 판매하는 자판기와 생리대, 스타킹 등의 생활용품을 판매하는 자판기가 1층 식당 앞에 배치되어 있다. 2017년도 학생회장의 공약으로 아이스크림 자판기가 설치되었다. 그러나 2019년 모든 자판기가 없어졌다.

2020년 공사를 통해 학년 층마다 스터디카페가 신설되었다.

2회 졸업생 배우 남지현 (1995년생)

초은고등학교 정류장 : 701, 7700

서해그랑블 정류장 : 2-1, 7, 44, 47, 70, 202, 591, 인천e음85

호반베르디움3차/청라자이 정류장 : 42, 72, 9300