'서인천 - 서울역' 간 시외직행버스로 신설되었다. 당시 기점은 가정오거리와 가정사거리 사이에 있던 삼화고속 서인천영업소[4]였다. 이 때문에 봉오대로 정비 이전(2013~2014년)까지 '삼화고속'이라는 이름의 정류장 입간판이 남아있기도 하였다.

2006년 4월 1일부터 충정로역에도 정차하게 되었다. 삼화고속 공지사항

이용객들의 요청에 의하여 2007년 2월 17일에 '쌍마아파트.홈플러스 - 신현파출소 - 서인천영업소' 구간이 연장되었다. 삼화고속 공지사항

2009년 10월 26일부터 신현쇼핑.하늘채아파트에도 정차하게 되었다. 삼화고속 공지사항

차고지 문제로 인해 2010년 9월 1일에 기점이 경남아너스빌로 변경되었다. 삼화고속 공지사항

2014년 2월에 2대가 감차되었다. 인천광역시 공지사항(hwp 파일)[6]

2017년 4월 15일에 운수업체가 삼화고속에서 마니교통으로 이관되었다. 삼화고속 공지사항

2019년 4월 8일부터 인가대수가 14대에서 13대로 감차[8]되었고 운행횟수 또한 82회에서 76회로 감회되었다. 감차분은 1400번으로 이동되었다.

2019년 12월 5일에 말소 되었던 4744호의 면허가 부활하여 이 노선에 투입 되면서 1대가 증차되었다.

2020년 3월 2일에 경남아너스빌 평일 막차시각이 00:00에서 주말, 공휴일과 동일한 23:30으로 당겨졌으며, 서울역 막차시각도 01:00에서 00:30으로 조정됐다.관련 게시물

신설초기에는 인천쪽 정류장이 서인천(가정오거리)[10] 정류장 단 하나밖에 없었다. 아웃인천

삼화고속이 운행하던 시절에는 삼화고속 전용 승하차장[12]이 따로 있었다. 이후 루원시티 개발과 가좌동 쌍마아파트로 노선이 연장되어 아나지로 건너편 정류장에 서게 되었다.

명성운수의 1000번과 번호가 같아 잘못 타는 경우가 종종 발생한다. 다만, 정차하는 정류장은 서로 다르다.[14]한 때 의정부 1000번이 있을 때는 이 문제가 더 심각해서 언론에도 다뤄졌을 정도였으며, 번호를 조정한다고 했으나 실제로는 의정부 쪽 노선의 번호가 바뀌었다.

수도권 광역버스 입석금지 실시에 따라 이 노선의 하위 호환격 노선인 M6628번이 신설되었다. M버스 자체가 급행버스의 성격이 있기는 하지만 M6628번은 인천구간에서는 1000번과 정류장이 같으며 서울 쪽에서도 신촌~서울역 구간만 잘린 형태로, 1000번의 하위호환이 맞다.

석남동에 차고지가 위치해 있을 때는 경남아너스빌 정류장에서 운행을 마친 뒤 무조건 차고지로 들어갔다 나왔었다. 이후 차고지를 가좌동 시영운수 차고지로 이전하였을 당시에는 차고지 내 공간이 매우 협소해지고 공차회송 거리가 늘어서 대다수의 차량은 봉수대로 갓길(해수워터피아 부근)에 주차해뒀다가 운행을 나왔다. 원창동에 자가 차고지를 신설한 지금은 원창동 차고지 진입로측 봉수대로 갓길에 주차해뒀다가 운행을 나간다.

인천광역시 광역버스중 노선 번호가 가장 작은 노선이다. 가장 큰 번호 노선은 9802번.

파일:Seoulmetro1_icon.svg 수도권 전철 1호선: 서울역

파일:Seoulmetro2_icon.svg 서울 지하철 2호선: 합정역, 홍대입구역, 신촌역, 이대역, 충정로역

파일:Seoulmetro4_icon.svg 수도권 전철 4호선: 서울역

파일:Seoulmetro5_icon.svg 수도권 전철 5호선: 충정로역

파일:Seoulmetro6_icon.svg 서울 지하철 6호선: 합정역

파일:GJLine_icon.svg 수도권 전철 경의·중앙선: 홍대입구역, 서울역

파일:Incheonmetro2_icon.svg 인천 도시철도 2호선: 가정역

파일:AREX_icon.svg 인천국제공항철도: 홍대입구역, 서울역

일반 철도역: 서울역(KTX, ITX-새마을, 무궁화호, 누리로)