2005년 수단 내전 때 우간다-수단 남부 국경(수단의 통치 시기)에서 국경 충돌이 발발했으며, 수단과 우간다와의 갈등이 있었으며, 수단과는 다르게 이전부터 남수단 지역 주민들과는 큰 갈등이 없었다.
우간다는 남수단의 독립을 지지하고 인정하기로 했으며,
2011년 7월 9일, 남수단이
수단으로부터 독립되자 수교를 맺었다.
다만 남수단의 반군이자 주요 군벌집단 중 하나인 "신의 저항군(LRA)"이라는 반군은 남수단 남부 국경 일대에서 활동하며, 우간다-남수단 국경에서 몇 차례의 분쟁을 일으키기도 했다.
두 나라들은 모두
동아프리카 공동체,
아프리카 연합에 속해있다보니 영동아프리카 공동체, 아프리카 연합에서 여러 왕래와 교류가 이어지고 있다. 남수단에서 우간다로 이주해온 난민들은 우간다에서 일을 하면서 우간다의 경제를 돕고 있으며
#, 우간다의 숲 등을 가꾸기도 한다
#. 우간다는 남수단에 군사를 파견해 분쟁을 중재하기도 했었다.
우간다에서 교육을 배우는 남수단 난민들이 많다.
