감독은 에스토니아 전 축구선수 출신인 마르틴 레임이다. 블루셔츠(Sinisärgid)라는 별명을 가지고 있다.

1950년~1992년 대회는 소련의 일원이었다. 소련 시절 성적으로 보려면 여기로

월드컵 본선은 한 번도 가지 못한 약체 팀이다. 유로 본선도 한 번도 가지 못하였다. 아시아로 치면 우즈베키스탄, 카타르 정도와 전력이 비슷하다.

그러나 유로2012 예선에서 세르비아를 상대로 원정에서 3-1승, 홈에서 1-1 무승부를 거두고 북아일랜드를 4-1, 2-1로 연파하면서 조 2위까지 올라가며 플레이오프까지도 가는 놀라운 모습을 보여주기도 하였다. 비록 플레이오프에서 아일랜드에 패해 사상 첫 유로 본선 진출은 좌절되었지만.

이 외에도 2011년에 우루과이와의 친선경기에서 우루과이 상대로 2-0으로 승리하기도 하였다. 하지만 이후에는 내리막길로 이제는 발트 3국 중에서도 축구를 제일 잘 한다고 보기 힘들 정도로 전력이 내려왔다.

과거 더비 카운티의 유명한 골키퍼였던 마트 품이 이 곳 출신이고, 리버풀의 수비수였다가 현재는 칼리아리에서 뛰고 있는 라그나르 클라반이 에스토니아의 주장을 맡고 있다. 그 외에 과거 블랙풀 FC에서 뛰었던 세르게이 제니오프 정도가 알려져 있다. 러시아에서 한가락했던 발레리 카르핀이 여기 출신이다. 소련 해체 이후 에스토니아를 택하지 않고 그대로 러시아 국가대표로 활약했다. K리그 수원 FC에서 한 시즌 활약했던 헨리 아니에르가 A매치 61경기 13골을 잡아낸 에스토니아 핵심 공격수다.

국내파 선수들이 국가대표 스쿼드의 절반 이상을 차지하며 해외 진출한 선수들은 주로 노르웨이리그와 핀란드리그에서 뛰고 있다.

유로2016 예선에서 산 마리노 원정에서 0-0으로 비기며 산 마리노 사상 첫 UEFA 유러피언 챔피언십 예선전 승점을 안겨줬다.

2018 월드컵 예선에서 벨기에 원정에서 8-1로 졌으며 여기서 클라반이 다소 불운하게 자책골을 기록했다.

현재 유니폼 스폰서는 나이키이다.