'운명의 건설자(Constructors Of Destiny)'들이라는 수십 억년 전에 강성했던 문명이 우주의 진리를 알아보고자 타임로드(Time Lord)의 적극적인 반대에도 불구하고 우주의 절대적인 진리를 계산할 수 있는 컴퓨터 '매드 마인드 바피메랄(Mad Mind Bophemeral, 이하 MMB)'을 만들면서 시작되었다.

매드 마인드 바피메랄이 작동되자 이 미친 컴퓨터는 자신을 만든 '운명의 건설자'들을 전부 말살시켰으며 자신의 군대를 양성했고 자신을 신(God)로 만들 지식을 찾아내기 시작, 단번의 우주의 모든 기계 생명체들을 지배하게 된다.

이로 인해 전 우주의 살아있는 지적 생명체들이 이 군대에 대항하기 위해 각 행성에서 수천의 함대를 끌어모아 매드 마인드 바피메랄을 저지하기 위한 전쟁에 돌입하게 된다.

'데이몬'이라는 종족이 첫 공격으로 '페르세우스의 틈'이라는 곳에서 암흑물질 무기를 이용하여 매드 마인드 바피메랄을 공격, 타격을 입힌다.

오시리안 종족들이 말머리 성운에서 웜홀을 통해 매드 마인드 바피메랄을 막았다.

Euterpians 종족과 Greld 종족이 셈쿼시의 전투 장막과 옴넷호스(Omnethoth)라는 무기로 매드 마인드 바피메랄의 함대를 파괴하기 위해 은하계 전체를 부숴버린다.

카스트리안의 함대가 매드 마인드 바피메랄에 의해 완전히 괴멸당한다.

엑실론이 안드로메다에 있는 매드 마인드 바피메랄의 함대를 공격하기 위해 참전한다.

서로 원수지간이었던 루탄호스트와 손타란이 힘을 합쳐 매드 마인드 바피메랄의 함대를 공격하지만 전 함대가 블랙홀에 빨려들어가 파괴된다.

Grey Hegemony와 Influence Of Light가 매드 마인드 바피메랄에게 물리적인 공격을 가해보려고 했으나 두 군대 모두 정신적인 피해를 입는다.

라실론이 이끄는 타임로드들은 "불개입 정책"[2]을 무시하고 매드 마인드 바피메랄과의 전쟁에 참전하고, 팩션 패러독스, 가장 행렬의 가면 제조사, 그레이스의 장관들이 전쟁을 돕기 위해 참전한다.

오시리안의 지원을 받은 나이몬 종족이 1000만 개의 양자 극초신성(콜랩스, 수축성)으로 매드 마인드 바피메랄을 공격, 완전히 파괴시켰다.

그리고 타임로드들이 매드 마인드 바피메랄을 타임 루프에 집어넣어 수십억 분의 1초를 계속 반복하게 만들었다.

전쟁 후 생존자들이 "시간의 수호자(Guardians Of Time)"들에게 부탁해 밀레니엄 워에 대한 기억을 삭제해달라고 부탁하게 되어 시간의 수호자들이 '시간의 열쇠(Key Of Time)'라는 것을 만듬으로써 전쟁은 끝이 나게 된다. 현재 이 전쟁에 대한 역사를 기억하고 있는 건 닥터 뿐이라고.