선착순 12명만 도전 가능 (출발지는 기상 순서)
댄스 미션 합격자에 한해 보컬 미션 도전. 보컬 미션은 랜덤으로 진행.

신류진과 박선민이 출전했으나 박선민은 탈락했다.

사실상 기획과 제작을 YG엔터테인먼트에서 하고 있기 때문에 YG에서 연습생을 내보낸 것 자체가 논란이 될 수 있다. 연습생들이 다 간절한 것은 마찬가지라서 YG 연습생을 배제하는 것도 역차별이긴 하다. 방영 전에는 YG에서 나온 연습생들이 분량을 몰아 받고 프로그램에서 밀어줘서 다른 참가자들이 들러리가 되는 것이 아닌가 하는 우려가 있었다. 막상 공개된 후에는 오히려 YG 연습생들의 외모나 실력이 기대 이하라는 평가가 많다.

4회 초반에 공개된 기획사별 오디션 평가에서 최현석이 데뷔조로 발표가 되었다. 오디션 평가 자체가 주관적인 기준이었지만 이 많은 참가자 중에 데뷔조로 뽑히기 위해서는 모든 면에서 완벽에 가까운 무대를 보여줬어야 할 것 같은데 랩에서 다소 안좋은 평가를 듣고도 170명 중에 3위.[43]

한편 YG와 JYP가 진짜 에이스는 안 내보낸 것이 아니냐 하는 의혹이 생기고 있는데, 이런 의혹은 프로듀스 101 시즌2에도 있었지만 뚜렷한 근거는 없다. 다만 믹스나인 기획 전에 데뷔 준비가 무르익은 연습생이 있었다면 이미지 소모를 줄이기 위해 숨겼을 수도 있다. YG연습생들이 2진이었던 것인지 YG의 에이스 연습생들인데 아직 실력을 다 못보여준 것인지는 남은 방송에서 밝혀질 것으로 보인다.[44]

크나큰이 본인들의 이름이 마음에 안 들었음을 털어놓자 양현석은 맞장구를 치면서 "서태지와 아이들 이름 처음 들었을 때 이름 지은 사람 죽여 버리고 싶었다."면서 본인도 그룹 이름에 불만이 있었다고 말했다. 장난 조로 악의 없는 듯 웃으며 얘기했으나 논란이 될 수 있는게 서태지와 아이들은 서태지가 지었다. 즉, 서태지를 디스해 버린 것.

공민지가 뮤직웍스 소속이라는 말을 듣고 놀라는 대목에서(마치 처음 듣는 듯한) 자기 식구들에게 관심이 없는거 아니냐는 지적이 나왔다.[45][46] 공민지가 뮤직웍스 소속이라는 말을 듣고 오디션에 공민지가 나오는 것이 아닌지 걱정하는 모습이 나왔는데 물론 진심으로 한 말은 아니었겠지만 그래도 공민지는 안습.오히려 SM이었으면 계약해지한 가수 언급하거나 방송에 올리는것 자체가 금기다

우태운의 무대에서 우태운과 前 에이젝스 멤버 문지후가 출연했는데, 함께 나온 참가자가 모자이크처리되었다. 믹스나인에서는 주로 더 유닛에 출연한 멤버나 아직 합격했다는 사실이 방송에 나가지 않은 참가자를 모자이크처리하고 있는데, 이 참가자는 왜 모자이크처리되었는지 밝혀지지 않아서 궁금증을 안겨줬다.본인이나 회사의 요청인듯.

우태운과 같은 스피드 그룹으로 활동했던 키위미디어의 오성종(오태하)인데, 모자이크처리될 별다른 이유가 없어서 의아함을 주고 있다.

개인연습생 오디션 과정에서 양현석이 무슨 이유에서인지 보이지 않았고 승리 혼자 심사했다. 승리는 다소 거만한 자세로 한혜리의 노래를 듣다가 고개를 설레설레 젓는 등 양현석처럼 심사를 했다(...).PD가 시켰나

한혜리가 프로듀스 101 당시 등급 평가에서 D를 받았고 실제로 본 실력이 부족하다는 것, 실제로 오디션에서 보여준 실력도 누가 심사를 하든 그냥 탈락감이긴 했다. 이를 의도적으로 강조한 편집을 한 인상이었고, 이후 소감을 묻는 오디션에서 코믹한 느낌의 배경음악을 넣기도 했다. 여기에 오디션이 끝나고 탈락 통보를 받은 뒤 나온 한혜리의 모습이 그 동안 알려진 것과는 너무 달랐는지라[47] 한혜리 분량에 PD의 특별 지시가 있는게 아닌가 하는 의문이 남는다.

하지만 어찌 됐든 간에 한혜리는 본 실력이 제대로 까발려진 건 맞으며, 더 유닛이 아닌 믹스나인을 선택한 것은 한혜리에게 돌이킬 수 없는 결과를 가져오게 된다.[48]