1991년에 설립되었고 1992년에 이란의 첫 민영 항공사로 운항을 개시하였다.

미국은 시리아에 이란의 이슬람 혁명 수비대를 보내는데 돕고 레바논의 헤즈볼라를 수송하였다는 이유로 제재를 가하여 7년 이상의 중고 기체 밖에 도입할 수 밖에 없었고, 2008년 보잉 747-400을 도입하였으나 위의 제재로 인하여 2012년 다시 매각할 수 밖에 없었다. 그래서 보잉 747-300 Combi 같이 한물 간 항공기들이 아직 많이 날아다니고 있다.

현재(2016년 1월) 보유 기종으로 A300-600R 14대, A310-300 11대, A340-300 4대, A340-600 7대[1], Avro RJ-85 2대, Avro RJ-100 4대, BAe 146-200 1대, BAe 146-300 9대, 보잉 747-300 Combi 2대를 보유 중이다.

동아시아에는 베이징 및 상하이에 취항하고 있다.

2019년 1월 21일 독일에서 군수물자 지원 등의 이유로 면허 취소당했다. #

미국의 이란 제재로 인해 이탈리아에서 이란의 마한항공사의 취항을 금지시키자 이란 측도 이탈리아행 노선을 중단시켰다. #

코로나바이러스감염증-19로 인해 심각한 적자 상태에 거의 유일하게 거래하던 중국 기업까지 제재를 당해 앞날이 불투명해졌다. #

2020년 7월 23일 시리아 영공에서 베이루트 국제공항으로 향하던 항공사가 미국의 F-15로부터 위협받았다. 이란은 강하게 항의했다. #

2020년 8월 19일 지난번 중국 기업에 이어 마한항공과 거래하던 아랍에미리트 기업 두 곳이 블랙리스트에 추가되었으며, 미국 내 자산 동결 조치를 받았다. #