메이지 시대부터 동쪽에 있는 항구를 중심으로
조선업, 유리공업과 같은
중공업이 발전했다. 1889년에 마이즈루정이 설치되었다. 1901년에 마이즈루
진수부가 설치되면서 발전했고,
1938년부터 시로 승격되었다. 1943년에 기존 마이즈루시와 히가시마이즈루시가 합병해 지금의 마이즈루시가 탄생했다.
전후에는 13년 동안
중국 대륙에서 일본으로 돌아오는 군인들이 귀환하는 항구 중 하나로 이용되었고,
자위대가 창설되면서
해상자위대의
마이즈루지방대가 이 지역에 주둔하고 있다.