던전 앤 파이터에서의 던전은 파티마다 새로 생성되는 방식인 인스턴스 던전이다. 던전은 다수의 방으로 이루어져 있으며 한 방에 있는 모든 몬스터를 처치하면 문이 열리고[1] 그 방과 연결되어 있는 다른 방으로 이동할 수 있다. 물론 한 방에서 길이 갈라지는 경우도 있기 때문에 사전 조사를 하지 않았다면 항상 보스방으로 곧바로 갈 수는 없다. 막다른 길에 막혀 보스방으로 가는 데 시간을 더 써야 할 수도 있다는 소리.

보스방은 화면 우측 상단에 있는 맵에 표시되어 있으며, 들어갈 수 있는 문도 다른 문과는 색이 다르므로 곧바로 알아볼 수 있다. 이 보스방에 입장하여 보스를 처치하면 해당 방에 있던 모든 다른 몬스터도 같이 사망하면서 던전이 클리어된다.

맵에는 현재 자신이 위치한 곳과 클리어한 방, 보스방의 위치만 표시되고, 자신이 지나지 않은 방의 위치는 표시되지 않는다. 즉, 지도 보듯이 보스방으로 직행하는 것은 불가능하다. 다만 보스방의 위치와 자신이 위치한 방과 연결되어 있는 방의 방향을 추정하여 진행하면서 반복해서 던전을 돌다 보면 대부분 수월하게 보스방으로 갈 수 있으므로 큰 방해 요소는 아니다. 또한 많은 경험치를 얻거나 특정 퀘스트를 완료할 목적으로 모든 방을 도는 경우도 있으므로 반드시 직행으로 가는 경우에만 목멜 필요는 없다. 게다가 고대 던전과 이계 던전은 대부분 경로가 극단적으로 단순하고 막다른 길이라는 개념이 없으므로, 캐릭터 육성 후반부가 되면 이런 점들은 잊어도 게임에 별 지장은 없다.

대전이 이후의 던전들은 좀 더 수월한 클리어를 위해서인지 던전 플레이 중 각종 혜택이 주어진다. 요정을 대체하는 마법진 위의 특정 아이템을 먹으면 해당 던전의 몹들의 취약 속성(ex 코레 발전소면 수속성)을 부여해주며 공속, 캐속, 이속, 점프력을 비약적으로 올려주고 현재 돌고 있는 스킬 쿨타임을 모조리 풀어주고 덤으로 일정 시간동안 스킬 쿨타임을 비약적으로 줄여주는 아이템이 있다. 때문에 던전 클리어가 더욱 수월해졌다.

다만 마법진 아이템의 효과를 설명하는 텍스트는 전이된 아브노바 한정으로 떠서 전이된 아브노바에서 나오지 않은 것들은 뭔지 알 수 없다. 일단 속성 강화는 각각 불꽃(화속성), 얼음결정(수속성), 초록색 빛(명속성), 보라색 초승달(암속성)이며 속성 저항 강화는 위의 4개 아이콘이 방패에 그려진 모양이다. 스킬 쿨타임 초기화및 감소는 타이머 형태이며 날개 달린 신발은 이동속도이다.

던전에 입장하기 전 해당 던전의 난이도를 선택할 수 있으며, 난이도는 노멀, 익스퍼트, 마스터, 킹, 슬레이어로 총 5단계로 구성되어있다. 노멀/익스퍼트/마스터/킹의 경우 초기에도 사용된 난이도 체계이지만 2012. 03. 22. 업데이트로 이지/미디움/하드/울티메이트 체계로 변화되었다가 2015. 01. 29. 마계로 가는 길 업데이트로 노멀/익스퍼트/마스터/킹의 4단계 명칭이 다시 사용되었다. 하지만 울티메이트에 해당되는 난이도가 마스터로 적용되며 킹 난이도와 그 위의 새로운 난이도인 슬레이어는 더 높은 난이도로 적용되었다.

초기 난이도 체계 중 2nd Impact부터 던파혁신 업데이트 전까지 히어로즈(HEROES)라는 난이도가 있었는데, 킹 이상의 난이도를 가졌으며 기존의 난이도 체계와는 별개로 새로운 형태의 챔피언 몬스터들[6]이 등장하였으며 네임드 몬스터, 보스 몬스터들 또한 새로운 패턴을 사용하였다. 당시 의혹의 마을 히어로즈 난이도는 그야말로 충공깽. 자세한 내용은 히어로즈 난이도 문서 참조

난이도가 올라갈 수록 몬스터들의 체력, 공격력, 방어력, 회피율이 증가하며, 방어무시 공격력에 패널티가 적용된다. 또한 '강화-물리방어' 등과 같은 챔피언 몬스터의 수도 증가한다.[7] 노멀 난이도는 처음부터 입장할 수 있으며, 노멀을 클리어 하면 익스퍼트, 익스퍼트를 A랭크 이상으로 클리어 하면 마스터 난이도에 도전할 수 있게 되는 등 각 난이도 별 요구 조건을 만족하면 상위 난이도로 입장할 수 있다. 상위 난이도 해금 조건은 다음과 같다.

일반적으로 솔플이 가능한 난이도는 마스터 이하이며 킹과 슬레이어는 난이도 선택시 몬스터가 강해진다는 경고 메시지가 나타난다. 실제로 킹/슬레이어는 일반적인 스펙으로는 솔플이 어렵고, 만일 솔플이 가능하다고 하더라도 스펙에 따라 클리어타임, MP 문제 등이 있을 수 있다.

킹의 경우 기존 울티메이트 해금 조건에 해당되기 때문에 피격만 유의하면 되지만 슬레이어의 해금 조건은 이보다 더 까다로운지라 쉽게 해금하기가 어렵다. 하지만 편법이 있는데, 바로 사용 후 죽으면 다시 부활하는 소모품인 성스러운 축복을 이용하는 것이다. 성축으로 살아나면 피격횟수가 초기화되고, 코인을 사용한 것이 아니기 때문에 조건을 만족한다. 랭크를 올려놓고 보스를 죽이기 전에 일부러 성축을 마시고 한번 되살아나서 보스를 잡으면 된다.

이계 던전의 경우 노멀~마스터의 3단계, 고대던전의 경우 마스터 단일 난이도로 유지되었으나 2016년 9월 무한 난이도 패치로 독자적인 난이도 체계를 갖게 되었다. 난이도 3까지는 기본 해금되어 있고 난이도 4부터는 입장 가능한 최대 난이도를 클리어해야 다음 난이도로 입장할 수 있었으나 2018년 2월 1일 이계 던전과 고대 던전이 합치고 갈리고 하는 바람에 1, 2, 3단계 고정 난이도가 생기면서 무한 난이도의 개념이 없어졌다.

랭크를 띄우는 방법은 던전 앤 파이터/랭크 참고.

원칙적으로는 단계별로 가야 하지만, 파티플레이를 할 때는 파티장의 난이도 해금 여부만이 해당 난이도 입장에 영향을 미치기 때문에, 이미 상위 난이도를 해금한 파티장의 도움을 받아 상위 난이도에 입장한 후 해당 조건을 만족하여 클리어하면 최상위 난이도까지 전부 한꺼번에 열 수 있는 것도 가능하다.

또한 한 계정 내의 서버가 같은 캐릭터 간의 던전 난이도는 모두 공유된다. 예를 들어 카인 서버의 한 캐릭터가 특정 던전을 슬레이어까지 모두 해금했다면 카인 서버의 다른 캐릭터들도 그 던전의 모든 난이도가 해금된다. 하지만 바칼 서버의 캐릭터는 서버가 다르므로 별도로 해금 과정을 거쳐야 한다.

지역별로 입장 가능한 난이도가 다르며 기준은 다음과 같다.

100레벨 파밍용 던전인 겐트 황궁, 지혜의 인도, 기억의 땅, 바닥 없는 갱도, 고통의 지하실, 검은 신전은 난이도 편차가 너무 심하다. 한 예로 지혜의 인도만 봐도 노멀은 95레벨 성물로도 쉽게 클리어 되지만 익스퍼트는 시즌 6 졸업 템[14]이나 성전의 기억+체스트 타운 레전더리 풀이 아니면 깰수가 없다. 기억의 땅과 바닥없는 갱도는 노멀은 천공의 주인+엠피리언 풀셋이면 그럭저럭 깰수 있으나 익스퍼트는 지혜의 인도와 같이 시즌 6 졸업 템이나 체스트타운 레전더리 풀이 아니면 깨는게 불가능하다. 지히실과 신전도 노멀은 시즌 6 졸업 템 또는 성전의 기억+체스트 타운 레전 풀이면 깰수 있지만 익스퍼트는 100레벨 에픽 풀이어야 깰수 있다.
말이 노멀/익스퍼트지 공격력, 방어력, 체력 증가치를 보면 편차가 적은 던전도 노멀과 킹만큼 차이가 나며 심한곳은 노멀과 슬레이어만큼 차이가 난다.