국민건강보험의 보험자인 위탁집행형 준정부기관. 그 외 나머지 4대보험의 수납도 담당하고 있다. 4대보험 징수 통합이 이루어지면서 예전에는 기관별[5]로 각각 부과하고 걷었던 4대보험을 부과는 여전히 개별기관에서 하지만 수납은 건강보험공단이 전담하게 된 것이다. 그렇기 때문에 국민연금이나 산재보험료 등의 고지서를 발급받으려면 국민건강보험공단으로 문의해야 한다.

본사는 과거 서울특별시 마포구 염리동 공덕오거리 북쪽에 있었지만, 2016년 1월에 강원도 원주시 건강로 32(반곡동)로 이전하였다.

공단은 다음 각 호의 업무를 관장한다(국민건강보험법 제14조 제1항).

요컨대, 4대 사회보험료 징수, 건강보험료 부과, 기타징수금 및 부당이득금 징수, 노인장기요양보험, 국가건강검진[6] 시행 등 홈페이지 참고.

부당이득금 중에는 예컨데, 병의원에 대한 부당이득금 환수를 한다. 이것은 검찰에서 기획적(?)으로 사무장병원이라는 혐의로써 수사 및 기소를 하여 최종적으로 법원에서 판결이 나면 이에 따라 병의원에 대해 은행압류를 하든 민사소송을 하든 환수하는 것을 말한다. 다만, 의료기관에 대한 권력 행사는 보건복지부나 건강보험심사평가원에서 하고, 건보공단은 압류 등의 뒤치다꺼리를 맡아 하고 있다. 김종대 이사장 재직기간 중에 건강보험공단은 불합리한 부과체계 개선안을 오랜 기간 마련하고 정부에 건의했으나, 당시 박근혜 정부와 보건복지부는 이를 무시하고 부과체계 개선을 무기한 연기해 버리고 말았다. 신문기사 참조.

기획재정부의 공공기관 경영평가를 받는데, 징수업무 비중이 커서, 일선 각 지사에서는 징수실적[국세청보다 징수율이 높음]] 경쟁을 한다. 이 때문에 일선 담당자들은 체납자, 체납사업장에 대해 시중은행은 물론 심지어 2금융권까지도 압류를 하도록 실적을 강요당하고 있는 실정이며, 압류에 대한 강한 항의 민원에 시달린다. 보험료 민원이 80%에 달하며, 전국 각 지사의 업무 전체적으로 총 연간 6천만건(뉴스기사)에 달하는 민원을 전화나 방문을 통해 받는 등 엄청난 업무 스트레스를 받는다.

특히, 예금압류 문제가 제일 심각하다. 예금압류건수가 2008년에는 2천건에 불과했으나, 징수통합이 된 2011년에는 상반기에만 24만건으로 100배 증가했다. 기사 참조.

그러나, 기획재정부의 경영평가 항목 중 징수 평가 지표설정 때문에 생계가 어려운 체납자들의 고통은 계속되고 있다. 2013년 고발 기사 참조.

공단의 압류에는 절차적 하자가 심각하다. 독촉을 받지 못했다면 압류도 무효라는 법원 또는 국세심판원 판결 기사가 이 기사 이외에도 수차례 꾸준히 있어 왔다.

행정직, 건강직, 요양직, 전산직, 기술직, 약무직, 연구직, 기능직으로 나누어져 있다.

그 외에도 비정규직, 국민건강보험공단 사회복무요원 등으로 구성되어 있다.

고위직 직급은 다음과 같이 나뉜다.

의보공단 시절도 포함.

- 의사: 대졸 학력의 5년 경력자, 석사 학력의 2년 경력자, 박사 학력 셋 중 하나를 갖춘 자. 이렇게 들어온 의사는 각 지역본부의 건강상담센터장이 된다. 건강상담센터는 행정직 2급 (의사, 부장) 밑에 건강직 3급 (차장) 1명, 건강직 4~6급 6명 규모의 팀이 따라붙는다.

- 약사: 대졸 학력의 7년 경력자, 석사 학력의 4년 경력자, 박사 학력 셋 중 하나를 갖춘 자.

- 약사: 대졸 학력의 1년 경력자, 석사 학력 둘 중 하나를 갖춘 자.

- 약사: 경력없는 자

- 일반(행정직): 자격 제한 없음 [일정 기준 보유자(토익 일정 점수 이상 등)]__
- 통계(행정직): 본부 근무 통계학 전공자로서 SAS, SPSS 등의 통계 프로그램을 운용할 수 있거나 데이터마이닝 모형을 개발할 수 있는 자
- 홍보: 본부 근무 홍보 관련 전공자로서 SNS 운영, 그래픽 툴 편집, 동영상 편집 가능자
- 회계(행정직): 본부 근무 회계학 전공자. 원가관리사/원가분석사 자격증 소지자 우대.
- 자금운용(행정직): 본부 근무 경제학/경영학/회계학 전공자로서 투자자산운용사/재무위험관리사(FRM) 소지자.
- 영상(행정직): 인재개발원(충북 제천) 근무 방송영상학과 전공자로서 영상 촬영 및 편집 등 전문 사진기술 가능자, 사이버 콘텐츠 제작 가능자.
- 건강직 1 (간호사)
- 건강직 2 (임상병리사, 방사선사)
- 건강직 3 (운동처방): 건강운동관리사(구 : 생활체육지도자 1급) 소지자
- 건강직 4 (영양사, 보건교육사): (1) 영양사 면허증 소지자로 영양전문 교육 프로그램 및 전화 상담 수행 가능자 또는 (2) 보건행정, 보건관리, 보건교육 등 보건관련 학과 전공자로 보건교육사 자격증 소지자
- 요양직 1: 간호사, 물리치료사, 작업치료사 면허증 소지자
- 요양직 2: 사회복지사 1, 2급 소지자
- 전산직: 본부 근무 정보처리기사, 정보보안기사, 전자계산기기사, 정보통신기사, 또는 관련 기술사, 국제공인정보보호전문가(CISSP), 국제공인정보시스템감시사(CISA), 국가정보보호전문가(SIS), 국가공인SQL전문가 중 하나를 소지한 자

- 행정직: 고졸 채용 전형

유관업무를 수행하는 타 공공기관 대비 연봉과 복리후생 수준이 열악하다. 국민연금공단과 건강보험심사평가원, 근로복지공단 대비 평균임금은 상대적으로 낮다. 평균임금에 맹점이 있는게 상대적으로 고연봉을 받는 의사들의 연봉이 포함되었기 때문에 실질 직원들의 연봉은 더 낮다고 할 수 있다. 또 인사적체도 상대적으로 심한 편인데, 심평원의 6급갑 대졸 신규직원이 4급 과장으로 승진하는데 5년 내외(대리2년 과장2-3년)가 소요되는 반면, 건보공단은 최소 8년(대리3년 과장5년), 길게는 10년 내외의 근속기간이 소요된다. 향후 대규모 재정적자로 인한 고강도 구조조정에 대한 회사 안팎의 우려가 있다.