2009년 7월 1일 경의선 전철 개통과 함께 개통되었다. 나름 고양교통 입장에서도 경의선 위주로 전철역을 상당히 많이 연계하는 등 신경을 쓴 듯 하지만...개통한지 3개월 만에 고양교통 측에서 노선 운영에 어려움을 호소할 정도로 골칫거리로 전락해버리고 만다.

뭐... 이 노선이 망한 데에는 여러 가지 이유가 있지만, 역시 중앙로를 경유하지 않았던 것이 매우 컸다.[4] 그리고 고양시에 있는 비수혜지역 이 곳 저 곳을 경유하다보니 잦은 신호대기를 유발하게 되었고, 노선의 굴곡은 심해지더니[5] 이게 고스란히 소요 시간만 오래 걸리게 만들어버렸고 다른 마을버스 및 시내버스 노선들의 대체 수요를 흡수하지를 못한 채 공기수송을 하게 된 것. 특히 고양시 마을버스들은 타 지자체에 비해 교통편 정비가 체계적으로 되어 있었기에 더더욱 문제.

결국 줄어든 수요 때문에 운행대수도 줄이고 1대로 뛰는 시내버스가 되었다. 고양교통 99번 폐지 의혹에 대한 답변.

그렇게 2010년 즈음 이 노선은 조용히 최후를 맞이했다. 아무리 수요처를 많이 거쳐가도 선형이 매우 괴상하면 어떤 꼴이 나는 지 보여주는 사례. 차라리 주엽역 ~ 일산경찰서 ~ 정발산역 ~ 일산동구청 ~ 마두역 ~ 호수초등학교 ~ 서안아파트 ~ 일산병원사거리 ~ 백석초/백석고 ~ 백마역 ~ 국립암센터 ~ 풍산역 ~ 밤가시마을 ~ 일산역 ~ 오마초중교 ~ 주엽역으로 노선을 단순화했었다면...

노선 운행 방식은 88번과 같이 순환형 노선이었으며, 당시에는 A, B 구분을 하지 않았다.

수도권 전철 3호선: 백석역

수도권 전철 경의·중앙선: 탄현역, 일산역, 백마역, 풍산역