51번과 대부분 중복된다는 이유로 2010년 11월 1일에 이 노선을 폐선하고 45번(문화고 - 서라벌대 - 고속터미널 - 팔우정로터리 - 경주역 - 세무서삼거리 - 성건동주민센터 - 경주여고사거리 - 동국대병원 - 석장동)을 신설했다. 성건동을 경유하는 모든 노선은 예나 지금이나 중앙시장에서 경북남부보훈지청(구 경주보훈지청), 경주여고사거리 순으로 직진한다. 경주역에서 성건동으로 빠지는 참신한 노선이었으나, 수요가 거의 아예 없었다.

하지만 동국대에서 황성공원으로 바로 갈 수 있는 노선이 없어지자 학생들과 인근 주민들의 반발이 심했고[2], 문화고로 가는 수요는 41번과의 팀킬 중복으로 거의 없었다.

결국 15일 만인 2010년 11월 15일에 원래 노선에서 석장동 구간을 붙인 형태로 부활했으나 차량을 50번과 51번에 몽땅 뜯겨 인가대수가 3대로 확 줄어들고 말았다.

과거엔 17시 20분부터 막차까지는 문화고 대신 시외터미널에서 출발했고 청년회의소, 경주역, 팔우정로터리, 서라벌네거리를 거쳐서 석장동으로 갔다. 그리고 예술의전당과 시민운동장으로 돌아서 갔으며 경주역에서 대구은행, 고속터미널을 거쳐 시외터미널까지만 갔다. 현재는 시간표에 없는 걸로 보아 사라진 듯.

2018년 7월 2일에 41번에 한하여 평일 5대, 주말 및 공휴일 4대에서 상시 4대 운행으로 감차되었다.

2018년 10월 22일부터 40번에 한하여 화랑마을을 경유한다.

2020년 10월 14일부터 코로나-19 창궐로 인해 버스 승객 대폭 감소하였고 이에 따라 새천년미소의 재정이 악화되면서 일일 왕복 18회로 감축해서 운행하고 있다. 새천년미소 공식 웹사이트 공지

대부분 경주시외버스터미널에서 기종착하는 다른 노선들과 달리 문화중고등학교를 기종착으로 하는 노선이다.

중앙시장 이후로 40번은 시계방향으로 41번은 반시계방향으로 순환한다. 그리고 40번은 41번과 달리 화랑마을을 경유한다.

경유하는 주요 관광지는 아래와 같다.

2020년 10월 14일 기준이다.

일반 철도역: 경주역(무궁화호)