상대식 승강장의 지상역으로 양쪽 홈은 과선교로 연결되어 있다. 개업 당시에는 무인역으로 단선식 승강장이었다. 업무위탁역이며 JR 큐슈 철도영업에서 역무를 맡고 있다.
역 주변에는 쿠마모토 현민TV, 옐로하트, 에디온,
맥도날드, 쿠마모토미나미 경찰서, 쿠마모토헤이세이 우편국, 헤이세이 중앙공원, 유통단지 등이 있다. 역명 유래는
아키히토 시절의 연호는 아니고 근처 '헤이세이'라는 동네다. 그런데 개업 개시년이 1992년이라 헤이세이라고 해도 맞긴 하다(...).