1951년 설립되었으며 해상보안청에서 근무하는 해상보안관 간부를 양성한다. 교육기간은 본과 4년이며 3년차와 4년차에는 해양 실습(원양)을 나간다. 학비는 없으며 입학과 동시에 방위대학교처럼 국토교통성의 직원이 되어 급여를 받는다. 본과를 마치면 6개월 동안 전공별 교육을 받는다.

연간 40명 정도가 입학한다. 10%는 여성. 총원이 150명 수준이라 시골 분교 수준이다. 해상자위대처럼 일본 해군의 영향을 받아 기숙사에서 기상 전에 "총기상 5분전(総員起こし5分前)"이라고 방송을 한다. 기숙사 호실은 1학년부터 4학년까지 한 명씩 4인 1실로 쓴다.

한국의 한국해양대학교, 목포해양대학교와 비슷하지만 이곳은 상선사관을 양성하는 곳이고, 해상보안대학교는 졸업 후에 해상보안청의 보안관 간부로 근무하는, 즉 해경판 경찰대학과 비슷하다. 한국의 경찰대학에서 대한민국 해양경찰청로 어느 정도 차출이 되긴 하지만 이런 식으로 독립된 교육기관은 아니다. 미국의 해안경비대사관학교와 비슷하다. 하지만 군인처럼 계급을 부여받는 게 아닌 직급 부여라서 준군사조직으로 볼지에 관해선 의견이 분분하다. 근데 명문화해두지 않았을 뿐 계급이 제복을 입을 때 손깃에 해군 제복처럼 표시는 된다. 어차피 국제법상 코스트 가드에 해당하는 조직은 해군력으로 집계도 되고, 전시에 해군과 동등하게 교전권을 가지며 항복시 포로 대우도 받을 수 있다.

파일:external/www.jcga.ac.jp/07-03_2.jpg
노 젓는 학생들.

파일:external/www.jcga.ac.jp/08-09.jpg
원양을 마치고 돌아온 학생들.

파일:external/www.mlit.go.jp/000036623.png
졸업한 학생들. 2010년의 졸업생들이다. 인원이 적어서 간소한 편이다.

파일:external/pds.joins.com/NISI20130130_0007658661_web.jpg
한국해양대학교의 졸업생들과 비교하면 확실히 적긴 적다. 이 사진은 한국해대 졸업식이다.