해리 포터는 호그와트 마법학교가 방학에 들어갈 때마다 어쩔 수 없이 이모의 집인 프리빗가 4번지에 머물러야 한다. 사사건건 해리를 괴롭히는 이모 피튜니아 더즐리, 이모부 버넌 더즐리, 이종사촌 더들리 더즐리를 마법을 쓴다는 협박으로 실컷 놀려먹던 해리는, 갑자기 뜻밖의 상황에 휘말리게 된다. 아즈카반 감옥의 간수들인 디멘터들이 프리빗가 4번지에 나타나 해리에게 덤벼든 것이다. 해리는 더들리와 자신을 보호하기 위해 마법을 사용하고, 미성년임에도 머글 앞에서 마법을 사용한 혐의로 청문회에 출두해야 하는 위기를 맞는다.

해리는 우여곡절 끝에 친구 론 위즐리와 헤르미온느 그레인저가 있는 런던 그리몰드가 12번지로 간다. 그 집은 바로 불사조 기사단의 비밀본부며, 대부인 시리우스 블랙의 집이다. 불사조 기사단은 다시 출현한 어둠의 마법사 볼드모트에 대항하기 위해 알버스 덤블도어의 편에 선 마법사들이 비밀리에 조직한 단체다. 해리는 자신도 불사조 기사단에 가입하고 싶다고 떼를 쓰지만, 미성년자라는 이유로 거절당한다.

마침내 지루했던 방학이 끝나고 해리는 호그와트에 복귀한다. 그러나 학교 분위기는 심상치 않다. 새로 부임한 덜로리스 엄브리지 교수는 알버스 덤블도어 교장의 반대편인 코닐리어스 퍼지 마법 정부 총리의 심복이다. 게다가 예언자 일보가 퍼뜨린 악의적인 선전으로, 해리를 보는 학생들의 시선은 곱지 않다. 살벌한 학교 분위기 속에서도 해리는 론, 헤르미온느와 더불어 덤블도어의 군대(Dumbldore's Army)라는 어둠의 마법 방어법 모임을 조직, 몰래 마법을 익힌다. 그런데 해리는 밤마다 볼드모트가 나오는 악몽에 시달리는데…