한국만화가협회와 한국웹툰산업협회, 세계웹툰협회와는 별개의 협회로, 다른 협회와는 다르게 순수하게 웹툰작가들로만 구성되어 있는 협회다. 윤태호 전 한국만화가협회장도 한국웹툰작가협회 설립에 대한 긍정적인 모습을 보였다.

웹툰 작가들의 고충을 해결할 수 있도록 힘을 쓴다고 하며, 우선 현 웹툰 업계에서 심각한 문제인 복지 문제와 공휴일 휴재를 공론화 한다고 밝혔다.

다른 협회에 비해 협회 구성 연령층이 젊은 편이다. 이와는 별개로 조석과 주호민은 <발기인으로 참여했다.>고 할 정도로 깊은 관심을 보였다고 한다.

회장인 조석이 원로 만화가들을 비판해 논란이 일어났다. 자세한 사항은 조석 항목 참고.

웹툰 작가들의 지각비 문제에 대한 입장을 발표했는데 이에 대해서도 논란이 일어났다.