모험을 시작할 때 전국도감, 자전거,[1] GB 플레이어를 주고 시작한다.

포켓몬들의 타입, 특성, 기술 등이 일부 변경되었다. 포켓몬들이 자력으로 배우는 기술 폭이 늘어난 것 뿐만 아니라 기술머신으로 배울 수 있는 폭도 늘어났고, 풀베기,[2] 괴력,[3] 바위깨기,[4] 몸통박치기[5] 등도 변경되었다.

포켓몬들의 진화 과정이 변경되었다. 개조 롬 특성 상 에뮬레이터로 플레이하는 플레이어들을 배려하여 핫삼, 강철톤, 에레키블, 폴리곤Z 등 아이템을 쥐고 진화하는 포켓몬들의 아이템을 사용 아이템으로 바꿔 사용하면 바로 진화시킬 수 있다. 또한, 특정 장소가 없어 진화할 방법이 없는 리피아, 글레이시아, 대코파스, 자포코일이나 단순 교환이 필요한 후딘, 괴력몬, 딱구리, 팬텀은 아예 전용 아이템을 만들어 놓았다.[7] 리피아나 글레이시아뿐만 아니라 에브이나 블래키도 이브이에게 아이템을 사용하여 진화시킬 수 있는데, 이는 맨 처음 시작 시 박사의 심부름을 다녀 올 때 포켓몬 할아버지의 집 앞에서 난천에게 이브이를 1마리 받고 모다피의 탑에서 주지승을 이긴 뒤 주지승이 이브이를 원하는 방향으로 진화시킬 수 있는 아이템을 1개 주기 때문인 것 같다.

트레이너들의 포켓몬이 싹 갈아엎어졌다. 특정 타입을 사용하는 체육관 관장이나 사천왕은 타입이 완전히 바뀌지는 않지만 첫 배틀부터 무조건 6마리로 승부를 건다. 소꿉친구인 금선/심향, 난천, 성호와도 배틀을 할 수 있다. 또한, 여기서 레드의 피카츄의 레벨은 94.

야생 포켓몬의 레벨 곡선이 전체적으로 급상승했다. 원작이 레벨링 곡선이 전체적으로 낮은 것이 단점이었는데 여기에서는 그 단점을 보완하여 검은먹시티 정도에 가면 레벨이 40 위주이고, 관동 막바지에 갈 수 있는 상록숲은 60대 야생 포켓몬이 나오고, 70대 포켓몬 트레이너들이 상주한다. 그래서 레드가 상향되었어도 상대적으로 원작보다 어렵다고는 덜 느껴진다.

아이템과 기술머신이 증가한다. 포켓몬센터의 간호순 근처에 있는 특정 NPC에게 말을 걸면 기술머신을 나눠준다. 그 외에 신오지방의 체육관 관장 등에게서도 얻을 수 있으며, 돌산터널 앞의 포켓몬센터에서는 해피너스가 무제한으로 기술머신 플래시를 나눠주니 가져갈 수 있다.

게임 내 이벤트가 추가, 변경되었다. 초반에 포켓몬 할아버지에 가는 길에 난천을 만날 수 있으며, 이때 이브이를 공짜로 준다! 이후 이 이브이는 모다피의탑의 장로에게서 원하는 폼을 말하면 그에 해당하는 아이템을 받을 수 있다.[8] 그리고 로켓단이 사파리존을 습격하는 이벤트가 추가되면서 이때 신오지방 태그 배틀 NPC (모미, 맥, 현, 미루, 미정)와 태그 배틀이 가능하다.[9][10] 로켓단이 라디오탑을 점거할 때에는 마지막에 비주기도 튀어나온다. 관동으로 넘어가면 홍련섬이 폭발해서 연분홍시티가 셀러와 파르셀로 도배가 되는데 도시에 있는 대장격 파르셀을 모두 처치해야 하고,[11] 포켓몬센터 안에는 이로치 파르셀까지 있다.

그 외의 편의를 위한 잡다한 수정사항들. 체육관 관장들이 배틀이 끝나면 즉시 전화번호를 주고, 쓸데없는 풀베기 나무도 제거되었으며 게임코너에서 코인을 살 수 있다.[12] 즉, 찌리리공 뒤집기를 안 해도 된다는 뜻이다.

페어리 타입과 새로운 기술들이 추가된다. Renegade Platinumd에서 구현된 바와 같이, 픽시 계열 같은 포켓몬들은 페어리 타입으로 변경되고 드레인키스를 비롯한 페어리 기술들도 추가된다.

일부 이벤트가 변경된다. 기존에는 게임 초반 난천이 이브이를 주었지만, 첨부된 스크린샷에서는 공박사가 주는 것으로 변경되었다.

도라지시티, 고동마을, 금빛시티의 포켓몬센터 구석에 있는 남자에게 말을 걸면 퀴즈를 내는데, 그 퀴즈를 모두 맞추면 타세대의 스타팅 포켓몬들을 하나씩 선택해 받을 수 있다.[13] 참고로 받는 스타팅의 특성은 심록, 맹화, 급류로 정해져 있지 않아서 리포트를 써서 계속 하다보면 숨겨진 특성도 얻을 수 있다.

보라타운 아래에 있는 별장 안의 오박사에게 1세대 스타팅 포켓몬 중 하나를 보여주면 나머지 두 스타팅을 준다.

노랑시티의 실프주식회사에 있는 공박사에게 말을 걸면 고르지 않은 나머지 두 스타팅을 준다.

라티오스 또는 라티아스 포획 후, 회색시티에 있는 성호에게 3세대 스타팅을 보여주면 나머지 두 스타팅을 준다.

엔딩 후 금빛시티의 자전거가게[14]에 있는 난천에게 4세대 스타팅을 보여주면 나머지 두 스타팅을 준다.

쐐기돌을 야돈우물에 던지면 화강돌이 나온다.

꼭두 클리어 이후 플레이어의 집에 가면 TV가 오작동하는데, TV를 때린다는 선택지에서 예를 선택하면 로토무가 튀어나온다.

금빛백화점 지하에 도둑이 있는데, 그 도둑에게 말을 걸면 깜짝 놀라며 점토도리의 힘으로 주인공을 순간이동시키는데, 그 방에서 로토무를 폼체인지 시킬 수 있다. 문을 지키고 있는 점토도리에게 말을 걸면 포켓몬센터로 순간이동.

진청시티의 해변에 있는 여자아이에게 친밀도가 가득 찬 포켓몬을 보여주면 공중날기와 파도타기를 배운 피카츄를 준다.

금빛시티의 이수재에게 가면 이브이 대신 캐스퐁을 준다.

세레비 이벤트 없이도 동성폭포 뒤쪽에 있는 비주기의 은신처에 들어갈 수 있는데, 라디오에 말을 걸어 5개의 채널 중 하나를 선택하면 선택한 채널에 따라 이로치 600족 중 하나가 튀어나온다. 배틀이 종료되면 라디오가 망가진다.

파이어가 레지기가스에게 은빛산 둥지를 털리고 쌍둥이섬의 홍련체육관에 프리져에게 빌붙어 살고 있다.[15]

홍련섬에 가서 마그마 스톤을 얻으면 꼭대기에 히드런이 튀어나온다.

성호에게 두 마리의 호연 스타팅을 받은 뒤, 라티아스 또는 라티오스[16]를 성호에게 보여주면 수수께끼의 수정을 얻는데 이를 금빛시티 자전거가게에서 정제하면 마음의 물방울을 얻을 수 있다. 이걸 가지고 갈색시티에 있는 구조물에 가져가면 나머지[17] 한 마리를 잡을 수 있다.

난천에게 록 캡슐[18]을 보여주면 난천이 레지락, 레지아이스, 레지스틸의 봉인이 풀렸다고 한다. 이들은 각각 어둠의 동굴, 얼음샛길, 절구산에서 잡을 수 있다.

은빛산에 있는 파이어 둥지에 레지시리즈를 데려가면 입구의 봉인이 열려 레지기가스를 잡을 수 있다. 참고로 특성이 슬로스타트가 아니다.[19]

매몰탑에서는 그란돈과 가이오가, 레쿠쟈를 모두 잡을 수 있다.[20]

담청시티에 있는 전통무용수 중 한 명에게 말을 걸면 마나피의 알을 준다.

피오네는 마나피와 메타몽을 교배해서 얻을 수 있으며, 진청시티 앞 바다에서 아예 야생으로 등장하기도 한다. 확률은 낮지만.[21]

스토리 클리어 후 새벽 시간대에 회색시티의 오른쪽에 있는 운석구덩이에 가면 테오키스가 나온다.

상록숲에 가면 뮤가 숨어 있어 술래잡기를 하여 배틀할 수 있다. 머나먼고도에서의 이벤트를 오마주한 듯.

보라타운에 있는 민가에 가면 한 여성 연구원에게서 마그마 스톤과 천계의 피리를 교환할 수 있다. 이걸 가지고 너도밤나무숲의 사당에 가서 피리를 불면 세레비를 잡을 수 있다.

천계의 피리를 얻은 후 난천에게 말을 걸면 신도유적으로 보내 주는데, 이곳에서 유크시, 엠라이트, 아그놈을 잡을 수 있다. 다 잡은 뒤 신도유적을 재방문하면 이번엔 디아루가, 펄기아, 기라티나를 잡을 수 있다.

절구산에 가면 자고 있는 지라치를 볼 수 있다. 천계의 피리로 깨우면 배틀을 할 수 있다.[22]

주인공 집의 침대에 들어가면 주인공이 악몽을 꾼다. 그리고 달맞이산 호수에 가면 크레세리아를 잡을 수 있다. 크레세리아에게 초승달날개를 얻은 뒤 다시 침대에 들어가 자려고 하면 악몽의 원인인 다크라이가 튀어나온다.

스토리 클리어 후 금빛시티 꽃가게에 있는 여자애한테 말을 건 뒤 자연공원에 가면 쉐이미가 웅크리고 있는데, 이 역시 천계의 피리를 불면 배틀이 가능하다.

기타 일반 포켓몬의 위치는 여기에서 확인이 가능하다.

아르세우스를 잡기 위해서는 16개의 플레이트를 다 모으고 전국도감을 모두 채운[23] 상태에서 신도유적으로 가면 된다. 아르세우스를 만나고 나면 엔딩 크레딧이 나온다.[24] 16개의 플레이트의 위치는 다음과 같다.

위에서도 나왔듯이 받을 수 있는 기술머신이 엄청나게 증가했다. NPC는 물론, 로켓단 간부들이 떠나간 자리에서도 "뭔가를 떨어뜨린 거 같은데..."라면서 기술머신을 얻을 수 있다. 다만 한계가 있었는지 5세대 이후처럼 무제한으로 사용하게끔 하지는 못했다고 한다.[25]

처음 포켓몬을 잡을 때 심향/금선이 포획하는 튜토리얼을 알려주려다가 "뭐, 다 알지?"라고 하면서 포획 튜토리얼을 스킵해준다.

도라지시티 포켓몬센터 연구원에게 말을 걸면 이른 시기에 학습장치를 얻을 수 있다.

상술했듯 몬스터볼을 얻기도 전에 난천이 이브이를 준다. 따라서 스타팅 포켓몬 이후 무조건 두번째 포켓몬이 되는 셈인데 이 때문인지 브이즈가 엄청난 상향을 받았다. 전반적으로 기술폭이 크게 개선되었으며 부스터는 110의 특방이 HP로 가고 가장 따로 놀던 특공 95가 스피드 95로 가는 엄청난 상향을 받았다. 특성의 경우 에브이와 블래키가 매직가드, 글레이시아는 하늘의은총이라는 사기 특성들을 받았다. 원조 브이즈 3마리는 본래 갖고있던 드특을 그대로 받았다. 샤미드는 촉촉바디, 쥬피썬더는 속보, 부스터는 근성이다.

포켓몬스터 금/은 때처럼 레드가 라프라스 대신 에브이를 데리고 나온다. 그 외에도 모든 포켓몬이 기술배치가 원작과 다르다. 눈보라만 주구장창 쓰는 건 줄어들었지만 대신 잠만보가 다시 잠자기를 들고 나온다든지...

난천과도 배틀할 수 있는데 특이하게 엔트리 중에 로즈레이드 대신 전룡이 끼어 있다. 왜인지는 알려진 바가 없다.[26]

원작에서 로켓단아지트 이벤트 때 레벨 40 망나뇽을 꺼냈던 목호는 신뇽과 프테라를 꺼낸다. 아무래도 치트킹 비판을 없애려고 한 조치인 것 같은데 정작 목호 뒤에 따라다니는 포켓몬은 망나뇽 그대로이다.

목호 2차전에는 갸라도스, 리자몽, 한카리아스, 마기라스, 플라이곤, 망나뇽을 쓴다.[27] 레벨도 레벨이지만 멤버 하나하나가 무지하게 세다. 그 플라이곤도 역린을 날려대며, 타입 상성이 안 좋으면 유턴으로 들어 가버리기까지 한다. 망나뇽 역시 레벨이 88이며 이쪽도 역린을 후려갈기니 무시할 게 못 된다.

본래 야생 잠만보는 갈색시티 쪽 디그다의굴 입구에서 자고 있었지만, 여기에서는 디그다의굴 입구는 열어놓되 해당 도로를 관통하는 것이 불가능하게 바뀌었다. 원작에서는 사실상 홍련섬 전까지는 꼴리는대로 순서에 상관없이 체육관전을 할 수 있었기 때문에 순서대로 체육관전을 하도록 유도한 것. 때문에 바로 갈색체육관을 깨는게 불가능하고[28] 무조건 디그다의굴을 통해 회색시티, 블루시티를 깨야 갈색체육관으로 들어갈 수 있다. 다만 이렇게 되면 반드시 보라타운에서 라디오를 업그레이드할 이유가 없어지기 때문에 잠만보를 잡지 않아도 스토리 진행에는 문제가 없다.[29]

원작에서 세레비 이벤트 때문에 라디오타워로 돌아오지 못했던 비주기가 여기에서는 아폴로가 해산한다고 말할 때 돌아온다. 아폴로와의 배틀이 끝난 직후에 배틀을 걸어오는데 이때 모든 포켓몬들이 자동으로 완전히 회복되니 걱정할 필요는 없다.[30] 여기서 비주기는 기꺼이 거대코뿌리를 들고 나와주신다.

레드까지 클리어하고 노랑시티의 격투도장에 있는 간호순에게 말을 걸면 트레이너 배틀 메들리를 할 수 있다. 관동/성도의 모든 체육관 관장, 사천왕, 로켓단 간부와 비주기, 그리고 마지막에는 레드까지. 난이도가 올라갈수록 회복시켜주는 횟수가 증가하고, 레드와 배틀 전에는 무조건 해준다. 그런데 이거 배틀시간이 장난아니게 길다. 농담이 아니라 체육관 관장 16명+사천왕&챔피언 5명+로켓단 간부와 보스 5명+레드 1명=37명, 그것도 일반 트레이너도 아니고 네임드 트레이너여서 전원 6포켓몬에 회복약까지 쓰는데 그럴 수 밖에...게다가 중간에 세이브도 안 된다. 빨리감기나 애뮬에 내장된 세이브를 할 수 없다면 그냥 하지 말자. 장기전으로 돌입하면 배틀이 2시간 넘게 진행된다. 그리고 만일 진짜 레드까지 다 깼어도 주는 것이 하나도 없다.

칠색조/루기아 포획 이벤트 전에 배틀하는 전통무용수들이 7명으로 증가한다. 기존 5명에 리피아, 글레이시아까지 포함된 것. 다만 역시 한계가 있었는지 예식을 치를 때에는 여전히 5명만 나온다.

라이벌 실버의 포켓몬 역시 바뀐다. 우선 돈크로우, 후딘, 팬텀은 고정이고, 물 타입 대체는 킹드라, 불 타입 대체는 마그마번, 풀 타입 대체는 에레키블이 한다.

석영고원의 사천왕 방에서는 안에 윤겔라가 대기하고 있는데, 이 윤겔라한테 말을 걸면 사천왕 중 원하는 방으로 데려가준다. 어쩌면 2세대의 캐이시 할아버지의 기능을 본땄다고 할 수 있다. 다만 챔피언의 방은 어쨌든 모든 사천왕을 격파해야만 들어갈 수 있다. 즉, 사천왕 순서는 상관없지만 스킵은 할 수 없다는 것.

로켓단아지트에서 람다의 목소리를 따라하는 새가 니로우에서 페라페로 바뀌었다. 물론 역시 배틀에서 쓰이지는 않는다.

블루시티동굴 끝 부분에 가면 라이벌이 대기하고 있는데, 루기아, 칠색조, 뮤츠 레벨 100 3마리를 사용한다. 이 멤버들은 포켓몬 스타디움 금·은의 멤버들이다.