특수지 고등학교는 고등학교 평준화 정책 시행 이후에 도입되었다. 학교장 전형 고등학교라고 부르고 있다. 특수지 고등학교는 자율형 사립고등학교와 마찬가지로, 평준화 지역에서 학군 간 통학거리와 시설여건 등의 이유로 인해 예외적으로 비평준화를 인정받는 학교이다. 도농복합시의 읍면지역에 주로 위치하고 있다거나 교통이 불편한 오지에 많다. 전산 추첨이 아닌 학교장이 직접 선발한다.[1]

특수목적고등학교나 자율형 사립고등학교와 맞먹는 경쟁률과 교육 수준[2]을 갖춘 학교도 있는 반면, 시설이 낙후되고 인지도가 좋지 못한 학교도 있다.

예술고등학교들도 예전에는 특수지 고등학교로 분류되었다. 당시에는 예술고등학교가 아직 특수목적고등학교로 분류되지 않았기 때문이다. 그러나 다른 특수지 고등학교와는 달리 예술계열 학교로써 일반 평준화 고등학교와는 다른 교육과정을 운영하면서도 대학 진학을 목적으로 교육과정을 운영했기 때문에 특수지 고등학교로 분류되었다. 1993학년도부터 전국의 예술고등학교들은 특수목적고등학교로 지정되었다. 하지만 2020년 이후 고등학교 무상교육이 시행되면서 특수목적고등학교로 지정된 예술고등학교 중에도 일부가 다시 특수지 고등학교로 자진해서 환원되는 경우도 생겨나고 있다.

1993년 이전에 개교한 예술고등학교들은 모두 특수목적고등학교 편입 이전에 특수지 고등학교로 분류되었던 이력이 있다.