에도 시대 초기의 일본인 가톨릭 신부. 아버지는 대마도 도주 소 요시토시, 어머니는 고니시 마리아(小西マリア), 외할아버지는 고니시 유키나가이다.

대마도에서 태어났다. 외할아버지인 고니시 유키나가 가문이 기리시탄이었던 것은 유명한 사실이고, 어머니 고니시 마리아도 가톨릭 신자였다. 아버지 소 요시토시도 장인의 권유로 신자가 된 사람이다.

훗날 고니시 유키나가가 세키가하라 전투에서 패하여 처형되자, 쓰시마에 화가 미칠 것을 염려한 소 요시토시는 유키나가의 딸 마리아를 소 가문에서 내쫓았다. 마리아는 갓난 아들과 함께 규슈로 추방되었고, 그래서 아들은 외가의 성씨인 '고니시'를 따라 '고니시 만쇼'가 되었다. 고니시 만쇼 또한 외가와 어머니의 영향으로 어려서부터 가톨릭 신앙을 가지게 되었다.

1614년 기베 시게카츠(岐部茂勝、1597-1639)[1] 등과 함께 인도의 고아 주, 아프리카 희망봉, 포르투갈을 거쳐 로마로 건너갔다. 고니시 만쇼는 1624년 8월 28일 예수회에 입회하여 사제가 되기 위한 수련을 받기 시작했고, 1627년 사제서품을 받아 신부가 되었다.

고니시 만쇼 신부는 1632년 귀국길에 올랐고, 일본에서 사목활동을 하다가 1644년 체포되어 순교했다. 고니시 만쇼 신부가 순교하고 난 후로 일본 내에 일본인 사제는 존재하지 않게 되었고, 이후 메이지 시대까지 일본인 사제는 탄생하지 않았다.