구마모토현에 위치한 도시. 구마모토현의 남서부에 위치한다.

아마쿠사 제도의 북부에 위치하며, 세번째로 큰 섬인 '오야노시마'가 중심지이다. 오야노시마 이외에도 두번째로 큰 섬인 우에시마의 일부분 차지하고 있고, 히노시마, 이와지마, 토바세지마 등 많은 섬이 관내에 있다.

우에시마에서 아마쿠사시와 접하며 오야노시마에서 우토반도의 우키시 다리를 두고 접한다.

과거에는 히고국의 아마쿠사군이였으며, 이 영역은 히젠국의 카라츠번(현 사가현 카라츠시)에서 지배하고 있었다. 그 당시 카라츠 번주였던 테라자와 히로타카(寺沢広高)는 카미아마쿠사에 토미오카성(富岡城)을 쌓고, 마을을 만들었다. 그러나 몇 십년뒤 시마바라의 난이 일어나면서 테라자와는 쫒겨나고 아마쿠사군에는 '토미오카번'이 생겨났다.

그 뒤에는 막부가 직접 다스리는 막부령[2]이 되었고, 폐번치현 이후에는 아마쿠사현[3]이 되었다. 그러나 4개월만에(...) 나가사키부에 편입되었다가 1869년에 나가사키부가 나가사키현으로 이름이 바뀌면서 나가사키현 소속이 된다.

1871년에는 야츠시로현 소속이 되었으며, 1873년에는 시라카와현에 야츠시로현이 합병되면서 시라카와현 소속이 되면서 시라카와현 아마쿠사군이 되었다. 그러나 또 1875년에 시라카와현이 구마모토현으로 이름을 바꾸면서 최종적으로 구마모토현의 아마쿠사군이 되게 된 스펙타클한 역사(...)를 가지고 있다.

2004년에 아마쿠사군의 오야노마치를 중심으로 한 4개의 정이 통합하면서 시로 승격, 현재의 '카미아마쿠사시'가 되었다.

섬이다보니 철도나 고속도로는 없고, 가장 가까운 역과 IC는 각각 미스미선의 미스미역, 큐슈자동차도의 마츠바세IC이다.

국도는 266번 국도, 324번 국도가 지나가고 있다.

시내버스는 큐슈산코 그룹 산하인 산코버스(産交バス)에서 운행 중에 있다. 고속버스로는 구마모토에서 우토, 미스미, 카미아마쿠사를 경유하여 아마쿠사시의 혼도 버스터미널까지 가는 '아마쿠사호'(あまくさ号)가 있다. 그 외로 커뮤니티 버스인 '선 마린버스'(SUNまりんバス)가 있다.

아마쿠사시의 혼도항에서 카미아마쿠사시의 '마에지마'를 경유하여 우키시 미스미마치로 가는 크루즈선이 운행하고 있다. 소요시간은 57분 가량이며 운임은 천엔(왕복은 1,800엔)이다.

그 외에도 관내의 여러 작은 섬을 잇는 노선들이 운행 중에 있다.