국립대학법인이 아닌 국립대학의 총장은 공무원으로서 장관에 준하는 대우를 받는다. 충북대학교 총장의 임기는 4년으로, 1951년 개교 이후 2018년 현재 21대 김수갑 총장이 재직 중이다.

2018년 4월 12일 직선제로 치러진 차기 충북대 총장 선거에서 법학전문대학원 김수갑(56) 교수가 당선되어서 교육부에 임용후보자로 제청되었다. 국립대학 총장은 대통령의 재가를 거쳐 임명된다. 이후 2018년 8월 21일 국무회의 의결 후 22일 대통령에 의해 임명되었다. 이로써 충북대 개교 이래 처음으로 동문 출신 총장이 임용되었다. 당선 후 바로 임용이 안 되는 이유는 적격여부를 꽤 오랫동안 확인하기 때문이다.