부대 모체는 국방정신교육원 해체로 정신전력교육이 각 군으로 이관됨에 따라 1996년 12월 창설된 충무공수련원이다. 대기업으로 비유하면 연수원 같은 곳이다.[1] 육군리더십센터, 보라매리더십센터와 마찬가지로 정신교육 및 인성교육과 함께 충무공정신을 교육하는 연구 및 교육기관이며, 2006년 1월 충무공수련원에서 충무공리더십센터로 개칭하였다. 해군(해병대 포함) 단기장교와 병(육군의 분대장과 동일한 생활반장은 교육을 듣는다)을 제외한 거의 모든 간부는 최소 이곳을 모두 한 번씩 거치게 된다. 해군(해병대 포함) 거의 전 구성원의 정신교육, 리더십, 인성교육 등의 업무를 맡으며 일부 부대에 대해서는 출장교육도 진행한다.

원래는 해군본부 직속의 독립부대였으나, 해군교육사령부 산하로 옮겨졌으며 전대급 부대로 취급된다. 실제 위치는 교육사가 있는 진해에 있다. 지휘관도 다른 해군 학교들과 마찬가지로 함정병과 대령이다.

주로 간부의 진급자에 대한 교육이 이루어진다. 그 외에도 군무원 또는 특정 대상[2]에 대한 교육과정이 이루어지고 있으며 해군 공보정훈장교의 보수 및 수시 교육도 이 곳에서 담당한다.[3] 천안함 피격사건 직후, 전역하지 않고 잔여 복무기간이 남았거나 장기를 선택한 인원들의 치유 및 보안교육 등도 이 곳에서 이뤄졌다. 육군학생군사학교에서 양성되어 해군으로 오는 군종관, 군법무관, 군의관, 통번역준사관 등을 해군의 일원으로 만드는 해군화 교육도 이 곳에서 진행한다.

타 부대에 비해 비교적 좋은 편이다.[4] 1년 내내 교육이 진행됨에도 관리가 잘 되어 깔끔하고 식당의 밥맛이 해군 부대 중 상위권을 차지한다고 알려져 있었는데, 2014년 기준으론 밥맛이 다른 해군 육상부대랑 다를게 없다는 평도 나오는 중이다. 사실 해군 육상부대 밥 맛이란게 조리장이나 조리병의 의욕에 좌우되는지라 항상 일정하지는 않다. 육군이랑 다른게 없는 메뉴라서 안의 간부나 조리병 혹은 조리군무원이 바뀌면 그 실력 등에 따라 달라지는 것. 2017~2018년도 기준으로 밥맛이 매우 훌륭했다. 역시 조리병은 조리장이 들들 볶아야 일을 잘한다.

1년 내내 교육이 진행되는 관계로 평일은 교육진행 준비 / 주말은 다음교육 준비라는 패턴이 계속되므로, 일부 장병들에겐 쉴틈이 없는 경우도 있다. 1차 전입 직별인 시설병과 군사경찰은 디지털 전투복을 입고, 이외의 2차 발령 직별(갑판,병기,조리,추기 등등)은 샘당을 입고 생활을 한다.

교육사령부 직할이지만, 독립부대 성격이 강해 생활이 나름 편하다. 다만 PX가 따로 없고 부대 자체에서 GS25에서 주문해서 판매하는 간이형식이라 PX병의 발주에 따라 물품 구성이 다르다.(보통은 잘나가고 인기있는 물품 위주로, 재고가 잘 남지 않는 것으로 주문한다)

일요일마다 진해기지사령부 충무복지로 가는 버스가 운행하며 배차문제로 종교행사는 비정기적으로 참여할 수 있다.