주 쿠바 일본 대사관은 아바나에 위치한 일본 대사관이다. 일본은 쿠바와 외교관계를 맺고 있고 쿠바도 일본과 수교했기 때문에 양국은 대사관을 두고 있다.

쿠바와 일본은 1920년대에 공식 수교했다. 그리고 양국은 대사관을 두었고 주 쿠바 일본 대사관측에선 쿠바내 일본인들과 관련된 업무를 담당하게 되었다.[1] 그리고 쿠바가 쿠바 혁명으로 공산국가가 되었을 때에도 외교관계를 유지하고 있었다. 하지만 냉전시기에 쿠바와 일본의 관계는 매우 제한적일 수밖에 없었다.

냉전이후에 양국간의 관계가 활발해졌다.

쿠바와 일본은 한국과 달리 공식수교를 했기 때문에 영사업무가 있다. 반면, 한국은 쿠바와는 아직 미수교국이기 때문에 영사업무가 제한적이다. 주 멕시코 대한민국 대사관측에서 쿠바를 겸임국으로 두고 있고 코트라에서도 일부 영사 업무를 맡고 있지만, 매우 제한적이다보니 주 쿠바 일본 대사관측에서 쿠바 내 한국인들의 업무까지 맡고 있는 상황이다.