국군병원에 상당하는 자위대의 병원이다.

기본적으로는 방위성 직원인 자위관이나 방위성에서 근무하는 공무원인 사무관, 기관(技官)[1]과 그 직계 가족만 진료가 가능하다.

그러나 자위대중앙병원, 방위의과대학교병원과 자위대요코스카병원, 자위대후지병원, 자위대한신병원, 자위대삿포로병원, 자위대후쿠오카병원은 민간인을 대상으로 외래진료를 하고 있다.

육상자위대, 해상자위대, 항공자위대 소속 별로 지역병원이 있으나 실제 군종 소속과는 관계 없이 어디서든 진료를 받을 수 있다.

유사시를 대비해 자위대병원은 병상수의 일정을 항상 남겨 놓는다. 재정적으론 상당히 손실을 보고 있다. 2009년 기준으로 수입이 106억엔, 세출이 323억엔이었다.

방위의과대학교를 졸업한 의관(医官)[2]을 채용하며 민간에서도 간부후보생을 끌어들여 임관시킨다. 치과의사의 경우 100% 민간이며 바깥에서의 경력에 따라 초임계급이 달라져 최대 중령으로 임관할 수 있다. 치과의를 제외한 나머지 의사들의 경우에는 중위로 임관한다.

한국의 군의, 의정 담당자들은 군의관, 간호장교 전문 양성기관인 방위의과대학교가 있는 것을 부러워하지만 일본에서는 국군의무사령부로 군의 체계가 통합된 한국군의 체계를 부러워한다 카더라.