일본이 본격적으로 축구 육성에 나서기 시작한 1990년대부터 '사무라이 블루'라는 별명을 얻게한 파란색 베이스가 사용되고 있다. 섬나라답게 바다의 색을 상징한다는 모양. 다만 나중에 갖다 붙힌 것이고, 사실은 왜 파랑색이 되었는지는 기록이 남아 있지 않아서 '지금은 아무도 모른다'라는게 일본축구협회 공식 홈페이지의 설명이다. #. 참고로 80년대 후반에서 90년대 초반까지 흰색, 빨간색의 유니폼이 주체였던 일탈의 기간이 있었다.[1][2] 2012년부터 남색도 간간히 쓰는 중이다.

기존 유니폼 디자인에서 스폰서만 아디다스 → 푸마로 변경되었다.

기존 유니폼 디자인에서 스폰서만 푸마 → 아식스로 변경되었다.

요코야마 체제가 끝나고 첫 외국인 감독, 한스 오프트 감독을 맞이한 신생 일본 대표팀이 처음으로 착용한 유니폼. 이 유니폼은 1992 기린컵에서 처음입었다. "오프트 재팬"[3]는 8월 다이너스 티컵에서 첫 우승을 한다. 성적이 좋았던 유니폼이었지만, 10월 아시안 컵에서는 새로운 디자인의 유니폼을 착용한다.

J리그 출범과 프로화가 한번에 진행된 일본 축구계에 1992년 히로시마 아시안 컵을 개최하였다. 이 대회를 위해 새로 디자인한 유니폼은 전례없는 참신한 디자인으로 바뀌었다. 그 동안 추세로 보면 위화감을 주었지만 J리그 출범팀들의 유니폼은 더욱 화려해 시대의 흐름에 맞는 모델 체인지라 할 수 있었다.

이 유니폼을 처음 사용한 대회인 1992년 일본 아시안컵에서 일본 사상 첫 아시안컵 우승을 달성하게 된다. 추가로 이 대회 MVP 선수로는 미우라 카즈요시가 선정되었다.

기존 유니폼 디자인에서 스폰서만 아디다스 → 푸마로 변경되었다.

1992년 일본 아시안컵에서 디자인 된 유니폼을 흰색 베이스로 변경한 버전. 보조 유니폼으로 사용되었다. 다만, 아시아 컵에선 착용하지 않고, 1993년 10월 도하에서 열린 1994년 미국 월드컵 아시아 최종 예선 이란전에서 처음 착용되었다. 해당 경기는 이란에게 1-2로 패배하였다. 이후 북한에게 3-0, 대한민국에게 1-0으로 승리하였지만.. 경기종료 42초[4] 전에 터진 도하의 기적으로 1994년 미국 월드컵 본선 진출행 티켓은 일본에서 대한민국으로 넘어가버렸다.

기존 유니폼 디자인에서 스폰서만 푸마 → 아식스로 변경되었다.

기존 유니폼 디자인에서 스폰서만 아식스 → 아디다스로 변경되었다.

스폰서가 아디다스 → 아식스로 변경되었다.

1996년 5월 기린컵때 부터 새롭게 등장한 유니폼은 전면의 무늬가 없어지고, 심플하게 옷깃 맞춤 부분의 붉은색과 양팔에 불꽃이 디자인된 점이 특징이다. 왼쪽 가슴의 일본 축구 협회 로고 또한 변경되었다.

스폰서가 아식스 → 아디다스로 변경되었다.

1998 프랑스 월드컵 예선을 치루는 도중 도쿄 대첩 이후 부진으로 가모 슈 감독이 사임하고 오카다 타케시가 감독을 맡는 등 고생을 했었지만, 마지막은 조호르바루에서의 플레이오프에서 이란을 꺾고 첫 진출해 기념할 만한 디자인이다.

스폰서가 아디다스 → 아식스로 변경되었다.

해당 유니폼은 1998 프랑스 월드컵 본선에서 착용하였다.

디자인은 팔소매의 불꽃 모양, JFA 엠블럼 아래에 'FIFA WORLD CUP FRANCE 98'이라는 노란 문구 추가 등 디테일한 부분 몇 가지를 제외하면 1998 프랑스 월드컵 예선 때 착용한 아디다스 버전과 거의 동일했다. 굳이 본선에서만 아식스를 사용한 이유는 추정컨대 일본의 첫 월드컵 본선이었으므로 첫 월드컵 본선만큼은 자국 브랜드를 착용하고 싶어했던 것으로 보인다.

이 당시의 유니폼이 소위 '불꽃' 유니폼이라고 해서 디자인이 굉장히 좋았고, 당시 도쿄 대첩의 임팩트와 맞물려 우리나라 축구팬들도 많이 기억하고 있다.[5] 그리고 캡틴 츠바사 월드 유스 편에서 월드 유스 본선에서 이 유니폼을 입기도 했다.

스폰서가 아식스 → 아디다스로 변경되었다.
이 유니폼 이후로 일본 국가대표팀 유니폼은 아디다스 재팬에서 디자인 및 제작하게 된다.

주 유니폼에는 측면과 소매에 흰색 선이, 보조 유니폼에는 파랑색 선이 특징이다.

1998년 일본 대표팀은 2002 한일 월드컵 개최를 위해 필립 트루시에 감독을 선임하였다.
트루시에 감독은 2000 시드니 올림픽을 목표로 하는 U-23 국가 대표팀과 1999 FIFA 세계 청소년 축구 선수권 대회에 참가하는 U-20 국가 대표팀, 2000 AFC 아시안컵 레바논 대표팀을 지휘하였다.

당시 팀 성적은 U-23 국가 대표팀은 2000 시드니 올림픽 8강 진출, U-20 국가대표팀은 1999 FIFA 세계 청소년 축구 선수권 대회 준우승, 2000 AFC 아시안컵 레바논 대표팀은 우승을 기록하였다.