어딘가의 누군가, 높으신 분이 예언한 「종말」같은 것은 일어나지 않았다.
그 대신, 아무것도 아닌 날에 「절망」은 찾아왔다——

약 1세기 전, 운석과 함께 나타난 식핵생명체 「이터」
별의 수명을 먹는 적의 침공으로, 지구는 큰 피해를 입었다.

지구는 그 절망에 대항하기 위해, 특별한 「혈성」을 가진 소년들을 만들어냈다.
맹세를 품고, 힘을 얻은 소년들은 이윽고 「히어로」라고 불리게 되었다.

정부와 재벌 「ALIVE」는 히가시나리 도의 각 에이리어를 지키기 위해, 도내에 있는 몇 학교에 「히어로 활동」을 추천했다.

특히 「가케후치 공업 고등학교」 「시라호시 제일 학원」 「라·크로와 학원」 「후운지 고등학교」 「아이쿄 학원」의 다섯 학교는, 우수한 히어로가 있는 학교로 유명해진다.

하지만, 각각의 학교는 역사나 사상이 다르기 때문에 사이가 나쁘고, 협력하는 관계는 아니었다.

「ALIVE」에 소속된 「지휘관」인 당신은, 지구의 운명을 위협하는 적과 싸우기 위해 다섯 학교의 히어로들을 모으고, 이끌게 된다…….