과거에는 기슈(紀州) 혹은 기이(紀伊) 국이라 불렸다. 전국시대에는 유명한 용병집단 사이카슈의 본거지였고, 에도 시대에는 고산케 중 하나인 기슈 도쿠가와 가문의 영지로 기슈 번이 되었다. 와카야마가 정식 명칭이 된 것은 1869년의 판적봉환 이후이다. 중심 시가지에는 와카야마 성시(城市)의 흔적이 남아있는 작은 마을들이 점재한다.
지명의 유래는 현 북부에 있는 와카우라(和歌浦)의 와카(和歌)와 옛 산성인 오카야마 성의 야마(山)를 따 지은 것이라고 한다. 일본어 위키백과 참조