창건 연대는 미상이나 영실에 많은 고승들이 존자암 등지에서 수행하였다는 기록으로 보아 오래전부터 암자들이 있었던 것으로 추정된다. 현재의 건물은
1982년 고암 스님에 의해 복원되었다.
대한민국에서 법계사에 이어 2번째로 높은 곳에 위치한 절이다. 해발고도 1000m 이상에 위치한 절 중에서는 접근성이 가장 좋다. 영실휴게소에서 갈림길이 2개로 나뉘는데 왼쪽으로 가면 이 절이 나온다. 그리고 제주특별자치도 유형문화재 제19-2호로 지정된 선덕사소장화암사판묘법연화경 권4~7이 있다.