정우성 - NTS요원 이정우 역.

수애 - NTS요원 윤혜인 역.

차승원 - 미국 국토안보부(DIS) 동아시아 지부장 손혁 역.

이지아 - NTS요원 한재희 역.

김민종 - 전 북한 대외정보(35호실)요원 김기수 역.

시원 - NTS요원 김준호 역. 초반엔 별 활약이 없었다. 원래 현장요원이었지만, 인질극에서 자신의 총을 맞은 테러리스트가 죽으면서 총을 발사해 인질을 죽이는 바람에 트라우마가 생겨서 후방지원을 하다가 결국 현장요원으로 복귀했다. 8화에서 트라우마를 좀 이겨내고 혼자 잠입해 화려한 CQC를 보여주고 인질범 몇 명을 골로 보냄과 함께 핵심기술체를 들고 튀는 등 꽤 활약했다. 이 뒤로 인천대교 쪽에서 이정우와 같이 아테나를 막는 데 중요한 역할을 해 대통령도 만났지만, 이 뒤로는 다시 또 후방요원화.

유동근 - 권용관 역. NTS 국장. 손혁과는 한 번 승부해 본 사이. 이정우의 아버지와는 동료였는데, 아웅산 묘소 폭탄 테러 사건에서 동료였던 이정우의 아버지를 지키지 못한 것에 죄책감을 가지고 있었고, 그 때문에 이정우를 계속 믿고 있었던 것으로 밝혀진다. 최종회에서 NTS가 재습격당하자 직원들을 안전시설로 대피시키고 아테나 용병들을 사살했다. 자기보다 어린 직원들을 대피시키면서 싸움에도 불구하고 부상 한 번 안 입는다!

이한위 -박성철 역, NTS 요원. 2월7일날 방영된 16편에서 손혁(차승원)에게 칼을 찔려 죽음을 맞이했다.

오윤아 - 오숙경 역. NTS 과학수사실장.

방길승[4] - SWAT 지휘관 역(아이리스와 동일배역)

김아영 - 비밀요원 블랙4역. 1화에만 등장해서 늘씬한(?)수영복 몸매를 과시하고 뛰어난 저격실력을 보여줬으나, 바로 윤혜인에게 사망. 이 분은 이 드라마가 데뷔작이다.

최건우 - 비밀요원 블랙2역. 역시 1화에만 등장.

션 리차드 - 앤디 역. 미국 국토안보부(DIS)요원 이지만 실상은 아테나(단체)소속이자 차혁의 비서. 본부가 손혁의 지위를 박탈하고 새 간부를 보냈을 때, 윤혜인을 잡아오라는 명령을 받고 잡으러 갔으나 같이 갔던 동료를 죽이고는 오히려 그녀를 놔줬다. 그 후, 감금됐던 손혁을 풀어주고는 동료들과 함께 쿠데타를 일으켰다.

박은석 - 현수 역. 아테나 조직원.[7][8]

정만식 - 재혁 역.

이정길 - 조명호 역(배역명은 아이리스와 동일, 아이리스에서도 대통령을 맡으신 분이다...) 대한민국 대통령.

김영애 - 최진희 역 대통령 비서실장.

전국환 - 한정필 역. 청와대 정책실장. 한재희의 아버지. 그의 정체는 놀랍게도 아테나의 멤버. 하지만 꼬리가 밟혀 자살하려고 했으나 한재희의 말에 자살 못하고 체포, 결국 손혁의 저격 지시에 골로 갔다.

박용기[11] - 유강호 역 청와대 외교안보수석. 배역명은 아이리스와 동일. 아이리스에서 외교안보수석으로 NSS 국장대행을 하던 분이다.

박용수 - 황호영 역. 청와대 정무수석

정한용 - 정형준 역. 前 대통령 비서실장. 아이리스와 동일배역.[12]

명지연 - 홍수진 역. 前 청와대 홍보기획관 역시 아이리스와 동일 배역.

이재용 - 김호빈 역. 북한 특사. 11화에 등장. 실제 북한 내 계파가 갈리는 현실을 반영해서인지 위원장 동지가 아닌 김정은 대장 지지파라고 하며 박철영은 이를 언짢게 생각하는 것으로 비춰졌다. 김호빈이 아테나와 접촉하는 걸 눈치챈 박철영이 김기수를 시켜 그를 암살해버린다.

김소연 - 김선화 역. 아이리스에서와 같은 김선화역으로 17화에 등장. 자신의 모든 과거와 결별하고 뉴질랜드에서 자신의 과거를 모르는 남편과 딸 새미를 데리고 행복한 나날을 보내고 있었으나[14] 김호빈과 관련된 북한의 안보 문제로 기존 첩보원들이 숙청당하던 와중에 박철영의 부관(진영)이 저지른 단독행동으로 북한 특수부대원들이 침입, 예전 실력은 안 죽어서 모두 끔살시키지만 그 와중에 남편과 새미가 죽자 죽은 북한요원의 핸드폰으로 걸려온 박철영의 전화를 받으며 "반드시 당신과 공화국에 복수하겠다." 며 오열한다. 향후에도 등장할 수 있을 듯.

김승우 - 박철영 역. 아이리스에서와 같은 박철영역으로 3화에 첫등장. 아이리스 이후 진급한 듯. 김명국 박사가 남한에 있다면 국방위원장 쪽에서 보복이 있을 거란 경고를 남기는데, 손혁과 조우를 했으나 일단 3파전으로 가는 듯. 김기수의 어머니를 인질로 삼아 김명국 박사의 행방을 찾으라는 협박을 하고 있다. 17화에서는 자신의 부하에게 전화를 건 게 하필이면 남편과 딸이 죽고 난 후 슬퍼하던 김선화가 받게 되고, 김선화가 자신과 공화국에 적개심을 가지게 되자 꽤 당황스러워 하는듯 보인다.

박성웅 - 진영 역. 박철영의 부관 진영역으로 7화에 첫 등장. 김기수와는 친밀했던 사이로 보이나 김기수가 귀순한 이후 약간의 적대감을 보이고 있으며, 북한의 기존 첩보원 숙청 명령에 의해 김기수와 박철영간의 전화 내용을 도청하여 김선화가 어디에 있는지 알아낸 후 단독행동으로 김선화의 가족을 몰살시킴으로써 김선화가 북한에 복수심을 갖게 되는 원인을 제공한다.

공정환 - 서민혁 역. 전 조선민주주의인민공화국 해외 정보부 요원. 3회에서 죽은 아야치와 함께 이탈리아에서 대통령 딸을 납치한 테러단의 리더. 김명국 박사의 신병을 인도받기 위해 대통령 딸을 납치하였으나 미국 국가정보국 (DIS)과 이정우에 의해 사살됨

김윤성 - 민구 역. 기수의 마작방에서 일하는 기수의 부하

정호빈 - 국정원(NIS)요원 강철환 역. 극중에서는 이름은 나오지 않았으나 동일 배역으로 추정.

BoA - 1월3일자 방송에 첫 등장. 본인 역으로 출연했다. 나름 히로인 역할도 하고 이정우와 짧은 휴식도 취하고, 콘서트 마친 뒤 본국으로 돌아감.

이보영 - 대통령의 딸 조수영 역. 3화에 등장했는데, 아테나 쪽의 공작으로 인해 납치당했으나 이정우 팀과 이정우 본인의 특공으로 무사히 탈출.

추성훈 - NTS 비밀요원 '블랙5' 역. 손혁과 엄청난 격투전(화장실을 철거해버릴 기세)을 벌이고 삼도천을 건넌 줄 알았으나, 2월7일 방송분 예고편에서 나 살아있음 ㅇㅇ 인증했다. 간단히 말해 다시 재등장. 2월7일 방영된 16회에서 재등장하나 재등장 5분만에 액션씬 펼치다 이정우(정우성)를 구해주고 죽는다.

김병만, 류담 - 1화 이정우에게 탈탈 털린 놀이동산 모의사격장 관리인(?)으로 열연.

소녀시대(??)

박철민 - 자이언트의 김영인처럼 고정 조연인 듯 싶다. 1회에서는 NTS 기지에서 극중 정우에게 깐죽대다 얻어맞는 안습캐, 6회에서는 기수와 따귀 때리기 내기 카드놀이를 하다가 코피가 나도록 따귀를 맞는 자칭 타짜 등등.

샤이니 - 온유와 태민이 출연. 대사도 몇 마디 했다.

진구 - 역시 1월 3일자 방송에 출연. 비밀요원 블랙으로 출연해서, 김명국 박사 납치 사건의 단서를 NTS에 전송하는 중요한 역할을 담당. 그러나 그후 바로 사망

더글라스 데이 스튜어트[16] - 특별출연 정보에 있는 사람으로, 눈치 빠른 분은 이 사람이 무슨 역할로 출연하실지 잘 아실듯. 아테나와 관련이 있다.

유태웅 - 김선화의 남편 역할로 등장. 어여쁜 아내와 딸 새미랑 행복하게 사는 그야말로 행복한 남자였지만 북한특수부대가 김선화를 제거하려는 과정에서 새미와 함께 사망. 김선화의 과거는 모르는 듯.

최강창민 - 2월 7일 방영된 16화에서 폭발물 제거반 'EOD'로 출현했다.(종종 출현할 듯)

송영길 - 전 인천광역시장. 2011년 1월 31일에 방송된 14화에서 인천대교 총 책임자로 등장했지만, 무슨 이유 때문인지 정작 통편집 당했다.

하얀거탑을 각색했던 이기원 작가가 개인 트위터를 통해 "아테나 2부를 아이피 TV로 1000원 결재하고 보는데 중간부터 돈이 아깝다는 생각이 우선 든다. 그 이후부턴 난 내 인내심의 한계를 테스트하고 있다. 시청률이 떨어진 이유가 여기 있었네ㅠㅠ. 제발 '아이리스' 만큼만 하길" 이라며 쓴소리를 남겼고, 이에 대해 시청자와 네티즌들이 동업자 정신도 없이 공개적으로 혹평한 것에 대해 비판을 가하였다. 결국 이기원 작가는 이에 대해 사과하였다.

당초의 예상은 아테나가 월화극의 1인자 자리를 지키면서 역전의 여왕과 드림 하이를 모두 캐바를 것으로 예상되었지만, 막상 뚜껑을 열어보니 세 드라마가 사이좋게 정족지세를 이루고 있다. 아테나의 부진에 대해서는 볼거리에만 치중해서 스토리가 부실하다는 지적과 아이리스가 첩보액션 드라마라는 장르의 선구자라서 선구자 효과를 누린 반면에 아테나는 아이리스를 뛰어넘을 새로운 걸 보여주지 못해서 부진하다는 것. 정우성의 이정우역에 공감이 안된다는 반응, 즉 캐릭터의 붕괴부터 아이리스보다 개연성 없고 뜬금없는 스토리 전개로 평가는 썩 좋지 않다.

자칫 잘못하다가는 2010년 대망했던 KBS의 도망자 꼴이 날 공산도 커진 상황. 일단 초반이니 지켜보자는 의견도 있긴 하지만 들인 돈에 비하면 현재의 시청률이 실망스러운 것도 사실은 사실이다. 이 때문에 DC 등지에서는 벌써 망테나로 불리기까지 한다.

2011년 2월 21일 방영분에서는 또다시 우려먹는 NTS 습격 장면을 넣고 내용의 80퍼센트 정도를 무의미한 액션 장면으로 넣어놓고 급 수습해서 욕을 바가지로 먹는 중. 대표적으로 김선화의 복수가 어떻게 끝났는지 조차도 언급이 아예 안된 편[18]. 또 쓸데없는 해외 로케까지 곁들어진 요란한 빈수레 꼴이 났다. 정상적인 작품이라면 쓸데없는 장면을 배제하고 떡밥을 수습하는 데 집중해야 하는데 이 드라마는 또 보여주기에만 급급해서 이상한 마무리로 끝낸 드라마.

주연인 정우성과 차승원은 팬택의 스마트폰 베가의 광고모델이기도 했는데, 아니나 다를까 이 드라마에는 베가의 PPL이 숱하게 나왔다. 자동차도 아이리스와 마찬가지로 기아자동차 PPL도 나온다.

1월 17일 방영분에서 타짜의 한 장면의 패러디가 방송되어 충격과 공포를 선사하였다.

참고로 문제의 인천대교 촬영분에는, 본래 송영길 인천광역시 시장이 인천대교 총 책임자로 특별출연했는데[20], 실 방송분에서는 통편집되면서 한동안 인터넷 공간을 떠들석하게 만들기도 했다.

2011년 1월 말 주연배우인 정우성이 지하 주차장 액션장면 촬영 도중 부상을 당하여 결방 사태까지 갔으며, 촬영 초기에는 차승원이 세균에 감염되는 바람에 일시 귀국한 적도 있었다.

12월 20일, 화면에 잠깐 잡혔던 단역 배우가 아테나 H컵녀로 검색순위에 올랐다.

아이리스에 이어 이 드라마까지 김현준 작가가 집필하였는데, 참고로 《아이리스》에서 이병헌이 맡았던 극중 남주인공 이름도 김현준이다. 그리고 이 드라마의 제작사인 태원엔터테인먼트가 이후 제작한 리메이크 드라마인 크리미널 마인드에서 이준기가 맡은 배역 이름도 같은 작가가 아님에도 불구하고 김현준이다.

SBS 공식 홈페이지에서 출연자 중 한 명인 최시원의 이름이 '최시우넌'으로 잘못 표기되어 있다. 오타난 것을 수정하지 않은 듯 하다.

극중 6화 말미에서부터 NTS 기밀 자료를 취중에 윤혜인에게 말해버려 시청자들에게 '쟨 뭐임?' 라는 반응이 많았던 오숙경 실장, 7화에서 또다시 취중에 기밀을 누설했다. 근데 이것이 바로 윤혜인의 정체를 밝히기 위해 오숙경과 권용관이 짜고 친 고스톱. 이 반전으로 시청자들은 '또 낚였음??' 하고 허탈해하고 있다.[23] 더군다나 6화 말미에 오숙경의 태도에 대해 제작진이 '원래 오숙경 실장의 캐릭터는 푼수캐' 라고 밝혔던 까닭에 시청자들은 제작진에게도 낚였다고 허탈해했다. 그리고 7화에선 이정우가 윤혜인을 향해 "아테나나 아이리스라고 들어보셨어요?"라고 물어보더니 경비원을 시켜 구속하고 "당신이 아테나라는 걸 알려주는 결정적인 증거를 찾았다."라면서 몰래카메라 생일파티 개드립을 치는 대박 월척을 보여줬다![24]

거기에 누가 아이리스 후속편 아니랄까봐 병맛나는 고증도 여전해서 방영 초기 일본에서의 전술팀 돌입씬에서는 정상적인 이동시 상체를 숙여 1층 창문에 머리가 안 보이게 움직여야 하지만, 대원들이 적의 은신처 창문 앞을 그냥 지나가는 개그를 벌였다(실제 상황이라면 유원지의 오리 인형처럼 한명씩 헤드샷 당할지도...). 게다가 지하철 역에서 폭탄을 해체할 때, 민간인을 한명도 대피시키지 않았다. 민간인들이 폭탄 해체하는 걸 뒤에서 구경하다 몰살당할 수 있다.

작중 대사에 따르면, 요즘 출시되는 자동차에는 주행중엔 물론이고 24시간 스캐닝도 하는 블랙박스가 장착되어 있다고 한다. 하나 핵융합발전소가 상용 운행할 정도니 이 정도는 애교...

2011년 1월 중순 인천대교에서 총격전을 촬영 중, K11 복합소총이 등장한다! 그리고, 정우성 손에 쥐어져 UAV를 격추하는 위력을 보였다. 문제는 이 장면의 앞 뒤 연출이 미션 임파서블 3에 드론 액션씬을 베끼다시피 한 것. 아무튼 대통령 경호원들이 선도차 한 대 터졌다고 다리 한복판에서 대통령이 탄 차를 세워서 그대로 총격을 받는 장면 같이 황당한 묘사로 많이 까였다. VIP 경호에 있어 습격을 받아 전방이 막혔으면 후방으로 퇴로 확보하는 것쯤은 매우 기본적인 요소다. 그리고 비밀리에 출국하는데도 경호를 한다는 것을 티내는 거 자체가 아예 테러해 달라고 구걸하는 격.

2011년 2월 15일 방영분에서는 원자력 발전소를 파괴하기 위해 GBU-28 벙커버스터를 등장시켰는데...2톤짜리 폭탄을 유효사정거리 10킬로미터에 지상발사형 미사일로 마개조했다.

아이리스 2에서 유중원 일당이 핵폭탄을 들고 와서 설치한 장소가 반포대교 남단의 플로팅 아일랜드(세빛둥둥섬)인데, 여기는 아테나:전쟁의 여신에서 NTS의 본부 건물로 등장한다. 시리즈 전체를 관통하는 엄청난 설정 오류. 단, 기존에 이미 아테나 소속 테러리스트들에게 빈집털이를 당해 개판이 되었고 테러리스트가 알고 표적 삼아 쳐들어올 정도라면 위치가 탄로났기 때문에 본부를 옮겼을 가능성도 배제할 수 없다. 후속이 나와야 어떻게 된 상황인지 알겠지만 아이리스 2가 거하게 망하면서 아이리스 3가 나올지도 불분명한데 아테나:전쟁의 여신 2가 나올지는 과연...