고등학교 3학년인 나루카미 요타는 수험 공부 휴식 겸 공원에서 농구를 하던 중, 수도복을 입은 소녀 히나를 만난다. 히나는 요타에게 「나는 전지의 신이니라.」라고 소리 높여 선언한다. 당황하는 요타였지만…….

히나가 먼 친척이라고 어머니 토키코에게 들은 요타는, 나루카미 가에 히나가 얹혀사는 것을 마지못해 납득한다. 그리고 히나는 영화제작을 계기로 짝사랑 중인 소꿉친구 이자나미와의 거리를 좁히도록 요타에게 조언하는데――.

소라가 소속된 영화연구부 졸업생 선배인의 진구지 히카리는 어머니가 경영하는 라면집을 돕고 있다. 하지만 라면집 운영은 기울어져 빚 독촉장에 도망치는 나날을 보내고 있었다. 진구지를 걱정하는 소라를 차마 볼 수 없던 히나는 라면집을 다시 일으키도록 요타에게 명한다.

요타가 미인 변호사 텐간 카코의 팬임을 알게 된 히나는, 요타의 이름으로 텐간이 주최하는 마작대회 '리베르타스배' 인터넷 예선에서 이겨 본선 진출권을 따낸다. 마작 초보자임에도 불구하고 요타는 본선에 도전하게 되는데――.

이자나미 쿄코는, 어릴 적 모친을 잃었다.어머니의 기일이 다가오면서 아버지에게 성묘하러 가자고 하지만 일을 핑계로 해마다 거절당하고 있었다. 그런 이자나미가를 걱정한 히나는 요타와 이자나미가에 가서 어떻게든 이자나미의 아버지를 외출시키도록 계획한다.

근처 신사에서 여름 축제가 개최된다는 걸 안 히나는, 요타에게 데려가달라고 간청한다. 게다가 「여름 축제는 다 같이서 즐기는 것!」라고 우기며 이자나미와 아수라 일행을 꼬드기자고 제안한다. 심드렁한 요타였지만 결국 여름 축제 권유를 하고자 전화를 걸게 된다.

마침내 영화 각본을 완성한 소라는 촬영을 위해 스탭과 캐스트를 모으도록 요타에게 부탁한다. 요타는 멤버를 모으고, 이자나미와 아수라, 진구지, 텐간 등 많은 멤버가 참가하게 된다. 그리고 소라가 배역을 검토한 결과, 히나와 요타가 주연을 연기하게 되는데――.

영화 촬영은 순조롭게 진행되고 여름방학도 얼마 남지 않았다. 히나가 말하는 "세계의 종말"이 가까워짐에 따라, 요타는 히나가 갑자기 나루카미가에서 사라지는 게 아닐까 불안을 느끼게 된다. 마음먹고 히나에 대해 부모님에게 물어보기로 하지만…….

코오로기 박사의 목적을 밝혀낸 히로토였지만 연구 결과까지는 밝혀내지 못했다. 평범한 고교생인 요타가 라면가게를 재건하거나 마작대회에서 우승하는 등 부자연스러운 행동을 반복하고 있는 것에 위화감을 느껴, 히로토는 히나가 관여하고 있는 것은 아닌지 의심하기 시작하고 마침내 "어느 비밀"에 도달한다.

히나가 납치되어 필사적으로 찾는 요타 일행이었지만, 아무런 실마리를 찾지 못한 채 2학기가 시작되고 만다. 허무감에 시달리는 요타 앞에 히로토가 나타난다. 히로토는 요타와 점차 친해져 아수라나 이자나미와도 함께 지내게 되는데…….

히나를 되찾기로 결심한 요타는, 히로토의 협력 하에 히나가 있는 양호 시설에 잠입한다. 드디어 재회하지만 히나는 완전히 마음을 닫고 있었다. 그런데도 히나의 마음 속 「그 여름, 함께 보낸 히나」가 있다고 믿으며 요타는 필사적으로 마주하려 한다.

잠입이 발각되어 시설에서 퇴거하게 된 요타. 시바에게서 히나가 다른 시설로 옮긴다는 사실을 통보받고, 어떻게든 부탁해 히나와 보내는 마지막 시간을 받는다.「함께 보낸 그 여름」의 추억을 이야기하면서, 요타는 「함께 살고 싶어?」라고 히나에게 묻는데――.