2015년 8월 25일에 개통했다. 이때에는 생명공원에서 오이도역까지만 운행했다.

배곧고 개교 및 골드클래스 입주가 완료되면서 2016년 7월 11일부터 배곧고에 들어갔다가 나온다. 시흥교통 공지사항 배곧고 우측 도로(배곧4로)가 완공되면 서울대학로를 통해 들어갔다가 되돌아나오는 방식에서 이 도로와 서울대학로를 통해 들어갔다가 나오는 걸로 바뀔 예정이었고, 실제로 공사가 완료되면서 그렇게 바뀌었다.

2017년 8월 25일에 오이도역에서 시흥배곧한라비발디캠퍼스까지 연장되었다. 또한, 차량이 1대에서 4대로 증차되었다. 시흥교통 공지사항

2018년 9월 5일부터 바로 배곧고로 가지 않고 단독주택단지(배곧초교)에 들어갔다 나온다. 시흥교통 공지사항

2019년 2월 15일에 생명공원에서 신세계프리미엄아울렛까지 연장되었다. 또한, 4대에서 6대로 증차되었다. 시흥교통 공지사항 관련 게시물

2020년 6월 5일에 '신세계프리미엄아울렛 - 중흥S클래스.센텀베이1차 - 이지더원1차 - 생명공원 - 배곧호반1~2차 - 단독주택단지 - 배곧고 - 배곧호반1~2차 - 로얄팰리스 - 동원아파트 - 함현고 - 오이도역' 구간이 단축되어 사실상 개통 초기의 오이도역 셔틀노선의 역할로 돌아왔다. 또한 3대가 감차되었다. 시흥교통 공지사항

2020년 10월 16일 종점이 시화MTV웨이브파크로 연장되면서 3대가 다시 증차되었다.

99-2번과 한때 대부분의 구간이 겹쳤다. 1대로만 운행하지만 99-2번에 비해 99-3번의 운행거리가 훨씬 짧기 때문에, 1대당 운행 횟수는 99-3번이 훨씬 더 많았다.(99-2번 : 대당 9 ~ 9.6회, 99-3번 : 대당 27회) 또한 한때 1대로 운행했다. 이 때, 전면 LED를 바꾸지 않고 스티킹만 덧씌운 형태로 운행했다. 오타(suttle)가 적혀있던 것이 압권. 관련 게시물

오이도역 정차 시 99-2번의 안산역 방향 정류장에는 정차하지 않고 오이도역앞 교차로에서 유턴 후 배곧 방향 정류장에만 정차한다. 다만, 인가상 유턴 장소는 오이도역앞 교차로가 아닌, 조금 더 가서 나오는 삼거리가 맞았으나 노선변경이후 해당사항이 없다.

2020년 10월16일부로 시화MTV 웨이브파크로 연장되며 증차되었는데, 기존 오이도역과 해양단지를 이어주던 30-2번보다 빠르게 해양단지에 도착하며 홍보 미비로 승객이 적어 앉아서 쾌적하게 창문열고 갈수 있다.

평일 시간표 - 2020년 6월 5일 기준
휴일 시간표

파일:Seoulmetro4_icon.svg 수도권 전철 4호선: 오이도역

파일:SBLine_icon.svg 수도권 전철 수인·분당선: 오이도역