서부여객에서 '문산~인천' 간 노선으로 신설하였고 50번으로 번호를 부여받았다.

2005년 4월 22일에 신성교통으로 이관되었고 번호가 5000번으로 변경되었다.

2007년 3월 10일에 '부천시청~인천터미널' 구간을 단축하고 부천종합터미널 회차로 변경되었다.

2007년 11월 10일에 '능곡 - 김포공항 - 오정동 - 부천시청' 구간이 '계산역 - 경인교대 - 작전동'으로 변경되었다.

2015년 7월 14일에 3000번, 5500번과 함께 대원고속으로 이관되었다.

코로나바이러스감염증-19로 인해 2020년 3월 9일부터 3월 17일까지 운행이 중단되었다.

2020년 3월 18일에 운행이 재개되었다.

행선지를 가까운 곳으로 말하고 실제로는 더 멀리 하차하여 요금을 적게 내는 부정승차자가 너무 많아 2012년 5월 28일부터 후문을 열지 않고 전문에서 승차시 구간지표를 받고 하차 시 반납하는 형태로 운행하였다. 대원고속으로 이관된 지금은 구간지표제가 폐지되었다.

대원고속으로 인수된 후에는 자사의 직행좌석버스에 투입되던 2014년식 전비형 FX II 116을 투입하며 전중비형 차량을 순식간에 모두 없애버렸고 기존 유니버스들은 인수한 지 얼마 안되어 모두 폐차시키거나 매각하였다.

2015년 초반 5000번의 일부 구간만 운행하는 5500번이 재개통되었다. 노선은 '금촌~부천'이며, 이 노선과 3000번 차량 일부가 차출되어 운행하였다. 그리고 5000번과 함께 대원고속으로 넘어가게 되었다. 5500번은 노선 자체가 5000번을 보조하는 성격이 강하였는데 대원고속이 인수한 후 5000번이 정상운행을 하게 되자 5500번을 운행할 필요가 없어서 대원고속에 인수된 후 5000번으로 흡수되었다.

파일:Incheonmetro1_icon.svg 인천 도시철도 1호선 : 계산역, 경인교대입구역, 갈산역, 부평구청역

파일:Seoulmetro3_icon.svg 수도권 전철 3호선 : 마두역, 백석역

파일:Seoulmetro7_icon.svg 서울 지하철 7호선 : 부평구청역, 상동역

파일:GJLine_icon.svg 수도권 전철 경의·중앙선 : 문산역, 월롱역, 금촌역, 금릉역, 일산역