IUPAC에서는 수소 결합을 전기음성도가 수소보다 높은 원자(수소 결합 주개)와 결합한 수소와, 다른 원자 혹은 원자단(수소 결합 받개) 사이에 작용하는 인력적 상호작용으로 정의하고 있다[1]. 그러나 고등학교 과정, 그리고 심지어 전공자들 사이에서도 F, O, N에 달린 H가 또다른 F, O, N과 상호작용하는 것만을 수소 결합으로 생각하는 경우가 흔하다. 이러한 경우가 대부분 강한 수소 결합을 하는 경우가 많고, 이 외의 경우 수소 결합이 존재하는지 혹은 얼마나 강한지를 직관적으로 파악하기가 굉장히 어려우며, 수소 결합이 존재하더라도 그로 인한 성질을 뚜렷하게 나타내는 경우가 많이 없기 때문이다.

보통 결합이라고 하면 원자 간 상호작용을 말하지만, 수소 결합은 분자간 상호작용으로 분류하는 것이 일반적이다. 이는 대개 수소 결합이 분자, 혹은 독립된 원자단 사이에서 작용하며, 그 세기 또한 분자 간 상호작용의 그것에 근접하기 때문이다. 그러나 수소 결합은 흔히 고등학교 과정에서 강한 부분 전하로 인한 극성 상호작용의 일종으로 설명하는 것과 달리, 실질적인 오비탈 상호작용이 관여되어 있으며, 일종의 부분적인 공유 결합이 형성되는 것으로 보는 것이 정확하다.

분자 간의 수소결합 에너지는 1-100 kJ/mol 정도로, 가장 강한 수소 결합은 가장 약한 공유 결합보다는 더 강하다![2] 일반적으로 전형적인[3]수소 결합은 다른 분자 간 상호작용에 비해 강한 편이다.