1007번의 출근형 차량만 이용하던 용인서울고속도로를 상시 이용한다고 발표되었기 때문에 시민들의의 기대를 받았다. 하지만 고속도로가 개통되고도 소식이 없어 페이퍼 노선으로 전락한 것 아니냐는 걱정이 있었으나 2009년 7월 16일에 신설되었다. 당시에는 탄천운동장과 탑마을대우아파트를 경유하였고 성남시내버스가 단독으로 운행하였다.

개통 당시에는 판교신도시의 입주가 끝나지 않아 수요는 매우 저조하였다. 게다가 아주대학교와 수원역을 비롯한 중심지를 경유하지 않는 점도 문제였다. 2009년 10월 2일에 야탑역과 우만4단지, 경기대학교 후문을 경유하게 되었고, 개통 초기보다 승객이 늘어나 차량이 증차되어 배차간격이 개선되었다.

2009년 10월 10일에 삼경운수가 공동 배차에 참여하게 되었다. 단, 삼경운수 차량은 사송동까지 가지 않고 야탑역에서 U턴하였다.

2010년 4월 1일에 삼경운수 차량들이 자회사 성우운수로 이관되었다. 동시에 탑마을대우아파트 대신 서현역, 경기대학교, 아주대학교를 경유하도록 변경되었다.

2020년 7월 1일에 성우운수 차량의 기점이 사송동종점으로 연장되었다.

2021년 1월 11일에 4500번이 분리 신설됨에 따라 성우운수가 단독으로 운행하게 되었고, 성남시내버스는 4500번을 운행하게 되면서 철수하였다. 동시에 기종점이 변경되었고 첫/막차 양방향 동시출발에서 수원터미널 출발로 변경되었다.

판교신도시와 수원시를 30분 내로 이어주기 때문에 일반시내버스보다 압도적으로 시간이 단축된다. 하지만 야탑역에서 수원시로 갈 때 판교신도시를 경유하기 때문에 소요시간이 길고, 수원시청에서는 수도권 전철 수인·분당선이 더 빠르고 편리하여 경쟁력이 떨어진다. 그나마 수요가 나오는 구간은 아주대학교와 판교테크노밸리인데 이마저도 단독이 아닌 1007-1번과 중복된다. 1007-1번은 서판교를 경유하지 않고 성내미터널을 경유해서 4000번보다 빠르지만 배차간격 차이가 크기 않아서 4000번이 그나마 수요를 가져간다.

신분당선보다는 경쟁력에서 우위를 점한다. 신분당선은 광교신도시에서 끊기기 때문에 판교테크노밸리로 가려면 2번의 환승을 거쳐야 하므로 소요시간이 비슷하면서 빠르게 이어주는 4000번의 수요가 더 많다. 단지 그 수요 자체가 충분치 않다는 점이 문제일 뿐.

한때 성우운수 차량은 야탑역에서 종착하였으나, 주 52시간 근무제가 시행된 후 휴식 시간을 보장하기 위하여 성우운수 차량도 사송공영차고지까지 운행한다.

2017년 10월 10일에 성남시내버스에서 2층버스를 투입하였다. 2층버스는 평일에만 운행했으며, 2018년 8월 11일부터 9월 1일까지 매주 토요일마다 S3355번에 차출되었다. 2019년 3월에 S3355번이 부활하면서 역시 매주 토요일에 차출되었다. 2021년 1월 11일부로 성남시내버스가 신설 노선인 4500번 운행을 맡게 되면서 2층버스도 그대로 4500번으로 넘어갔다.

원 출처는 경기교통DB이며, 노선별 이용인원의 자료를 재구성하였다.

경기도 자료는 연간데이터가 존재하지 않아 매년 3월을 기준으로 작성하였다.

파일:SBLine_icon.svg 수도권 전철 수인·분당선 : 야탑역, 이매역, 서현역, 수원시청역

파일:SinbundangLine_icon.svg 수도권 전철 신분당선 : 판교역

파일:GyeonggangLine_icon.svg 수도권 전철 경강선 : 판교역, 이매역