스페인의 축구감독. 선수 시절에는 무명이었으나 일찍 선수 생활을 은퇴한 뒤 코치 수업을 받은 뒤 불과 30세의 젊은 나이에 감독으로 부임했고, 자신의 고향팀 레알 사라고사를 이끌고 1990년대에 큰 성공을 거뒀다.

선수 경력은 뛰어나지 못했다. 포지션은 미드필더였는데 사라고사의 세미프로 클럽인 Deportivo Sariñena에서 4년 가량 활약했을 뿐이었다. 특이사항으로는 사라고사 대학교에서 지리학과 역사학을 복수전공했다. 문돌이

1982년 선수 생활을 접고 스타디움 카사블랑카라는 스페인 3부리그의 구단에서 8년간 코치직을 수행했다. 1988년 레알 사라고사의 수석코치로 부임했고, 1990년부터 1991년까지 사라고사 B팀의 감독직을 역임했다.

1990-91 시즌 말 사라고사의 1군 감독이 경질되자 고작 30세의 나이에 감독대행을 맡았다. 그리고 감독 대행을 맡자마자 팀을 라 리가에서 잔류시키며 정식 감독으로 승격했다. 우루과이 출신의 공격형 미드필더 거스 포옛을 중심으로 강력한 공격진을 구성해 강등권 팀을 UEFA 컵 진출권에 올리는 인상적인 지도력을 선보였다. 거기에 1994년에는 코파 델 레이 우승컵을 따냈고, 1995년에는 아스날 FC를 누르고 UEFA 컵 위너스 컵 우승 트로피를 들어올렸다.

사라고사에서 성공적인 경력을 보내던 페르난데스는 1997년 7월 테네리페로 이적했다. 그러나 테네리페에서는 12경기 3승에 그치는 부진을 보인 끝에 4개월만에 경질됐다. 반년 가량 휴식을 취하던 그는 1998년 RC 셀타 데 비고의 감독으로 새롭게 부임해 4년간 감독직을 역임하며 공격적인 축구로 팬들을 매료시키며 팀을 3년 연속으로 UEFA 컵에 진출시켰다. 2000년에는 인터토토컵 우승도 따냈다. 2002년부터 2004년까지 레알 베티스의 감독직을 맡았고, 두 시즌간 라 리가 8위와 9위를 기록하며 준수한 지도력을 보여주었다.

포르투를 UEFA 챔피언스 리그 우승으로 이끈 뒤 첼시 FC로 떠난 주제 무리뉴의 후임으로 2004년 8월 FC 포르투에 부임했다. FIFA 클럽 월드컵의 전신인 인터컨티넨탈 컵을 들어올리며 초반에는 좋은 모습을 보여주었으나, 2005년 1월 SC 브라가에게 홈에서 1-3으로 패하는 부진 끝에 포르투를 떠났다.

2006년 자신이 전성기를 보냈던 레알 사라고사로 돌아왔다. 첫 시즌을 리그 6위로 마무리하며 역시 명장 실력은 어디 안 갔다라고 생각했지만 다음 시즌 강등권으로 떨어지며 2008년 1월 사라고사로부터 경질당했다.

2010년 세군다 디비시온으로 떨어진 레알 베티스의 감독직을 맡았으나 승격에 실패하며 팀을 떠났다. 2013년 벨기에 퍼스트 디비전 A의 강호 KRC 헹크의 감독으로 부임했으나 2013년 9월 30일 성적부진으로 경질되었다. 2014년 7월에는 데포르티보 라 코루냐의 감독이 되었는데 여기서도 좋은 모습을 보이지 못하고 2015년 4월 경질되었다.

2018년 12월 17일 세군다 디비시온으로 내려간 사라고사에 다시 돌아왔다. 2018-19 시즌은 전임 감독의 삽질 때문에 간신히 강등권을 면한 수준인 15위로 마무리했으나 2019-20 시즌 2위를 달리며 승격 가능권에 있다. 다만 코로나 19 사태로 시즌이 중단되며 2020-21 시즌 프리메라리가에서 사라고사를 볼 수 있을지는 2020년 3월 현재로서는 의문이다.