水俣市. 구마모토현 최남단에 있는 도시로, 인구는 약 2만 5천명이다. 1950년대에는 5만명에 육박할 정도까지 성장했으나 후술할 미나마타병에 이은 쇠퇴로 현재는 절반 이상 줄어들어 있다.

중심역은 히사츠 오렌지 철도선의 미나마타역이며, 한정거장 거리에 큐슈 신칸센의 신미나마타역이 있다. 시외곽에는 후쿠로역이 있다.

고속도로는 없으며, 가장 가까운 IC는 인근 아시키타군 츠나기정에 위치한 츠나기IC이다. 대략 20분 정도 소요된다. 미나마타시를 통과하는 국도로는 3번 국도와 268번 국도이다.

시내버스는 구마모토현에서 가장 큰 버스회사인 큐슈산코그룹의 산코버스(産交バス)와 가고시마현 시내버스 회사인 난코쿠교통(南国交通)에서 운행하고 있으며, 미나쿠루 버스(みなくるバス)에서 커뮤니티 버스(마을버스)를 운행하고 있다.

공항버스는 가고시마 공항 방면으로 운행되고 있으며, 미나마타역에서 가고시마 공항을 잇고 있다.

미나마타항이 위치하고 있으며, 고쇼우라섬을 경유하여 아사쿠마시의 혼도항을 잇는 여객선이 있다.

시가지 중심부는 JNC[3]와 그 관련 공장이 입지하여 공업도시의 이미지가 있지만 3면이 산에 둘러싸여 녹지가 많은 곳이다. 벳푸시나 아타미시만큼은 아니지만, 현지에서는 온천 도시로 알려져 있다. 구 야마노선 터에는 '일본에서 가장 긴 운동장(日本一長い運動場)'이 있다.

미나마타병의 발생지로 세계적으로 알려져 있지만, 현재는 공해에 대한 반성으로 <환경·건강·복지를 중요시 하는 산업 문화 도시>로 변화해 환경 기본 계획을 먼저 중시하고 있다. 쓰레기 분리수거 방법도 24종류로 일본 내에서도 가장 우수한 단계에 있으며, 재활용 기업의 유치도 적극적이다.

당시 문제가 되었던 메틸 수은은 인근의 신일본질소비료(新日本窒素肥料)라는 화학 공장(현 JNC)에서 바다에 방류한 것으로 밝혀졌고, 2001년까지 공식적으로 2,265명의 환자가 확인되었다. 니가타현 카노세정(현 아가정)에서도 대규모 수은중독이 발견되어 '니가타 미나마타 병'이라고 명명되었다.

1997년에 여러번의 검증을 통해 미나마타병 및 오염으로 부터 완전히 안전해졌다고 선언을 하여 현재는 전혀 문제없이 안전한 동네다.

최초 발병으로부터 50년이 지난 2006년 4월 30일 희생자를 추모하기 위한 '미나마타병 위령비'가 시내에 세워졌다. 미나마타역과 멀지 않은 곳에 에코파크 미나마타(エコパーク水俣)가 있다. 이 공원에는 미나마타병 자료관, 미나마타병 정보센터, 구마모토현 환경센터 등 미나마타병 관련 시설들이 많으니 한번 둘러보는 것도 좋다.