조달관리부(Acquisition and Project Management, APM) : 다른 기관, 회사들과의 공조 및 계약을 담당하는 부서.

인권부(Civil Rights) : 직원들의 차별 등 인권 문제를 해결하는 부서.

예측평가부(Cost Estimating and Program Evaluation, CEPE) : NNSA에서 진행하는 각종 프로젝트들에 데이터에 기반한 분석, 예측을 제공하는 부서.

대테러부(Counterterrorism and Counterproliferation, NA-80) : 도난당하거나 유출, 혹은 보유국에서 통제를 상실한 핵무기 / 핵물질이 허튼 짓에 사용되는 것을 방지하는 부서.

핵무기비확산부(Defense Nuclear Nonproliferation, NA-20) : 타국이나 단체에서 물질, 인력, 장비, 기술 등 핵무기를 개발하는데 도움이 될 만한 어떠한 자원과도 접촉하지 못하도록 하는 부서. NPT를 어길 예정일 때 IAEA와 함께 속여야 하는 곳이다.가능한가? 포기하면 편하다

핵안전부(Defense Nuclear Security, NA-70) : 전국의 모든 NNSA 시설들을 보호하는 부서.

국방연구부(Defense Programs, NA-10) : 미군의 핵무기 유지보수 및 개량을 담당하는 부서. OST(Office of Secure Transportation)이라는 하위 부서를 두고 있는데 여기서는 핵탄두 수송을 담당한다. 수송할 때는 Safeguards Transporter라는 특수 트레일러에 핵무기를 적재한 후, 중무장한 OST 대원들이 장갑차량으로 포위하고 이동한다. 영화에서는 허구한 날 털리지만 실제로는 군인만 아닐 뿐 미군과 맞먹는 장비로 무장한 이들이 지키고 있기 때문에 매우 안전하다. OST 대원들은 연방경찰로 인정되어 사법권 행사도 가능하니 허튼 짓을 할 경우 용케 벌집이 되지 않는다고 해도 이들에게 이끌려 연방교도소 하이패스를 끊게 될 것이다.

긴급대응부(Emergency Operations, NA-40) : 핵과 관련된 사고가 발생할 경우 대응하는 부서. NEST가 여기 소속이다.

대외홍보부(External Affairs, NA-EA) : 민간인들부터 정부 관료와 연방 의원들까지 다양한 이들의 NNSA 관련 질의응답을 해치우는 부서.

법무부(General Counsel, NA-GC) : 법 관련 문제에 휘말릴 경우 아무 일 없던 것으로 만드는 부서(...).

정보부(Information Management, NA-IM) : 국가핵안보국의 정보화기술 체계와 사이버 보안을 담당하는 부서.

기획재정부(Management and Budget, NA-MB) : 행정 업무와 예산 담당.

핵추진연구부(Naval Nuclear Propulsion Program, NA-30) : 해군의 핵추진 함정 관련 연구를 담당하는 부서.

정책부(Policy) : 장기적인 정책을 수립하는 부서.

기반시설안전부(Safety, Infrastructure and Operations, NA-50) : NNSA 산하 시설들의 안전과 효율적인 운용을 책임지는 부서.