고유가 시대에 나무라는 저렴한[2] 연료를 사용한다.

제품에 따라 고구마 등을 나무와 함께 구워먹을 수 있다. 다만 이건 소형 종류에 한해서고 화력이 센 건 금새 시커멓게 타버리기도 한다.

가스나 기름에 비해 불이 잘 붙지 않아 먼저 기름(등유)이나 불쏘시개로 불을 붙인 뒤 때야하며 이 와중에 생기는 매캐한 연기는 덤.[7]

게다가 나무에 불이 붙으면 인위적인 진화나 발화 조건에 미달돼 사그러 들때까지 절대 꺼지지 않아 원할 때 끌 수 없다.[8]

자잘한 가지 등만 땐다면 굵직한 통나무에 비해 불도 잘 붙고 순간적인 화력도 좋지만 그만큼 일찍 사그라드니 손도 많이 간다.

주기적으로 화구와 배기구에서 재와 목초액을 제거하는 청소를 해줘야 별 탈 없이 오래 쓸 수 있다. 게다가 이것들을 어떻게 처리할지도 관건.[9]

만약 화목을 구매해 뗀다면 트럭당 60~100만원 정도는 감수해야 한다. 특히 겨울 내내 24~30도 정도를 유지하려면 5톤 트럭 한대 이상 실어와서 장작패고 창고에 쌓고 일정 주기로 화구에 넣어주고 청소까지 해야 하는 수고까지 포함하면 어떤 의미론 기름과 가스, 연탄, 전기 난방에 비해 비싸다.

나무를 산 등에서 자체 조달시, 조달하는 곳을 소유한 산주나 그곳에서 작업하는 반장과의 상의 없이 아무 나무나 베면 벌금 크리를 먹을 수 있다.[10] 다만 길이나 시설을 내거나 잡목 제거를 위해 쓰러트린 경우, 손쉽게 상의하고 가져갈 수 있는데 이조차도 흔치 않기에 나무를 두고 경쟁이 치열하다. 특히 주변이 나무가 많은 산지보단 밭이나 논 농사를 짓는 평야 지대일수록 먼 곳에서 조달해 와야 하기에 어떤 의미론 나무를 사는 편이 저렴할지도. 해당 임야를 소유한 주인이 아닌 이상에야 사용시 이리저리 골머리 깨지는 건 감수해야 한다.

연기가 많이 난다. 화목보일러의 경우 함수율이 높은 재료를 사용할수록 연기가 많이 나고, 밀집한 지역에서는 연기 때문에 민원의 대상이 될 수 있다. 함수율이 높은 재료는 젖은 나무와 소나무 등이 있다. 함수율이 낮더라도 착화 초기에는 불완전연소로 연기가 많이 날 수 있다. 화목보일러라 신고해놓고 몰래 쓰레기 소각을 하는 업체들도 몇곳 발각됐다는 기사가 있다. 또 인테리어 업계 종사자들이나 목공소서 화목보일러로 작업부산물을 소각처리하는 통에 이로 인한 매연으로 주변 주민들이 고통을 호소하는 등 문제가 심각하다.

발암물질을 다량 포함한 연기에 노출된다. 나무를 태울 때 나는 연기에는 미세분진, 일산화탄소, 탄화수소, 벤조피렌, 이산화질소, 휘발성 유기화합물, 케톤, 알데하이드 등 유해물질이 가득하다.[18] 벤조피렌은 자동차 배기가스, 담배연기에서도 다량발생하며, 인체 DNA를 파괴하고 돌연변이를 유도한다. 오랫동안 노출되면 폐암, 피부암 등 각종 암을 일으킨다.[19] 그래서 되도록이면 방독마스크를 사용한 후 작업을 하는 것이 좋다.[20] 그렇다고 방독마스크가 모든 유해한 것(가스,호르몬)을 막아주지는 않는다.[21]

수시로 나무를 투입해야 한다. 집이 클 수록, 실내 온도를 높게 해 놓을 수록, 바깥 날씨가 추울수록 더 자주 화목을 넣어줘야 한다. 나무종류는 안이 꽉차고 지름이 크고 무게가 많이 나갈수록 오래가서 화목을 덜 자주 넣어줘도 된다.

화목을 넣을 시 옷과 몸에 먼지와 냄새가 붙는다. 세탁을 하거나 샤워를 하지 않으면 완전히 냄새를 없애기 힘들다.

착화 후 온수를 바로 이용하기 어렵다. 겨울의 경우 불을 24시간 때면 문제가 안되지만, 봄, 여름, 가을 등 불씨를 꺼뜨렸다가 다시 붙여야 하는 시기에는 최소 15분 정도의 시간이 필요하다. 보일러실로 가서 나무를 보일러에 넣고, 불씨가 커져 온수 파이프를 충분히 달구기를 기다려야 하기 때문이다.

화목보일러는 정부에서 지원을 중단한 사업이다. 1998년부터 저소득층에게 설치를 권장하다가, 화재 위험성 때문에 2009년부터 지원을 중단했고, 자동화 설비를 갖춘 펠릿 보일러 설치를 권장하고 있는 추세이다.[22]

산불의 주범이 되기도 한다. 실제로 농촌이나 산촌에서 산불이 났다고 하면 대부분 원인이 화목 보일러의 불씨가 강풍에 다시 살아나 큰 불이 되어 집을 태우고 뒷산으로 번지며 산불로 돌변한 경우이다.[23] 따라서 나중에 산불의 주범으로 밝혀져 마을 사람들의 원성+민사소송+형사처벌이라는 삼중고를 겪고 싶지 않으면 화목 보일러의 불씨는 철저 관리해야 한다.

미세먼지의 주범. 폐목재를 쓰지않아도 측정기 가지고 연기가 나는 주변을 돌아다니면, 미세먼지 수치가 급격히 상승하는 것을 볼 수 있다. 기업, 가정 상관없이 화목을 사용할 경우 상당량의 미세먼지를 발생한다.[24] 도심지 내에서의 웬만한 숯불구이집 같은 업소들도 연기냄새 제거위해 전기집진기 설치해 운용하고 있는데 화목보일러는 그런 것도 없다.

보일러 특히 화구로부터 나무나 기름 같은 인화성 물질은 일정거리(3~5M) 이상 떼어놓고 화구 내부도 헬파이어 수준으로 활활 타오르면 어지간하면 열지 말자.[28] 또한 담배같이 불씨를 남길만한 일도 이 근처에선 하지 마라. 실제로 일부 가구가 이렇게 전소되기도 했고, 2020년 5월 고성 산불 역시 이게 원인이 되어 발생했다.

나무는 가급적 마른 참나무를 쓰는 게 관리 측면에서 좋다. 잡목, 특히 소나무와 후술할 폐목재를 넣을 경우 송진[29]과 끈적끈적한 목초액이 흘러나와 연소부나 화구, 배기구 여기저기 들러붙고 인화성도 있어 엔간하면 때지 않는게 좋다.

화구에 넣을 나무는 가급적 마른 나무가 좋으며, 습기를 머금거나[30] 크고 아름다운 둘레의 큰 나무는 당연히 덜 타는데다 불이 알아서 꺼지기도 한다.

쏘시개나 화목을 선택할 때 주의해야 한다. 호되게 당하지 않은 사람들은 쏘시개로 일반쓰레기를, 화목으로 각목, 파렛트, 거푸집 같이 방부처리된 폐목재를 사용하는 경우가 왕왕 있는데, 이는 올바른 선택이 아니다. 일단 불법으로 규정되어 있고, 일반쓰레기와 폐목재에 녹아있는 방부제가 연소될 때 발암물질이 포함된 목초액이 발생하고 몇몇은 인화성을 띄기도 해 배기구 막힘과 화재의 원인이 된다.