국민의 정부 시절 해양수산부 장관은 공동여당인 자민련의 몫으로 자민련 추천 장관은 김선길, 이항규, 정상천, 정우택 장관이었다. 앞 두 장관은 각각 충북 청주와 충남 공주 출신 정치인 출신으로 전문성이 떨어졌다. 실례로 김선길 장관은 신한일어업협상에서 쌍끌이어업권을 누락해 어민들의 원성을 샀다. 그 뒤 김종필 자민련 총재는 진주 출신의 자민련 전국구 의원 정상천을 장관으로 앉혀 지분과 명분을 모두 챙기는 노회한 수를 보였다.

해양 및 항만관리, 수산물 관리 및 감독 등을 맡아온 부처로 한때 노무현 대통령이 국민의 정부에서 해양수산부 장관직을 맡은 적이 있었다. 해수부 장관 출신 최고 아웃풋 그 외에도 자유한국당 원내대표와 대표권한대행까지 역임한 정우택이 역시 국민의 정부에서 역임했다. 당시 공동 여당 격인 자유민주연합 소속의 충북 지역구 국회의원이었으므로 형식상 임명만 김대중이 했을 뿐 김종필이 낙점했다고 봐야 될 듯하다. 마찬가지로 국민의 정부[1]에서 임명된 정상천[2] 장관은 전문성이 없다는 말이 나오자 생선반찬을 좋아하기 때문에 해양수산 업무에 관심이 많았다는 드립을 날리기도 했다. 또한, 대한민국 국방부, 행정안전부와 마찬가지로 상시 무장하는 해양경찰청이 휘하에 있다!

PK출신 김영삼이 만든 이후 시간이 지나면서 뭔가 점점 PK 장관 몫 챙겨주기용으로 변하고 있다. 김영삼 정부 시기 두명의 해수부 장관이 모두 PK였던 걸 시작으로 김대중 정부에서는 김종필과 공동집권하여 충청당 자민련 몫으로 떼어준 장관자리임에도 7명 중 절반이 넘는 4명이 PK 출신, 참여정부 6명 중 4명이 PK였다. 해수부가 부활한 박근혜 정부에서는 형식상 4명 중 2명인데, PK가 아닌 유기준 장관이 충남 부여 출생이지만 부산에서 고등학교를 졸업하고 한나라당 부산시당 위원장을 역임했으며 부산 지역구 4선 의원일 정도로 PK와 관련이 많았다. 사실상 PK가 과반.

해수부 장관 중에는 참여정부 당시 최낙정 장관이 2003년 해수부 장관 중 최초로 경질당하기도 했다. 그리고 시간이 흘러 2014년 박근혜정부 초대 해수부 장관인 윤진숙이 역대 해수부 장관 중 두 번째이자 해수부 부활 이후로는 첫 번째로 경질되었다.