해리포털 : 이름 그대로 해리 포터를 패러디한 캐릭터.[4] 기본적으로 장난치기를 좋아하나 학생들을 진심으로 아낀다. 본인의 리미터가 풀리면 게을러지기도 한다.[5]불투명 안경을 끼고 있으나 안경을 벗으면 상당한 미남이라는 설정. 파오나 선생님을 짝사랑하고 있으나 파오나 선생님이 돼지로 변하는 사실을 모르고 있고, 돼지로 변한 모습은 뚱녀라고 부르면서 굉장히 싫어한다. 특기 마법은 변신 마법. 본인이 변신하거나 상대방을 변신시키는 것에 굉장히 능하다.[6]

파오나 : 피오나 공주 패러디. 보석을 좋아하며, 수업방식도 수업내용과 관련된 동화책을 읽어주면서 가르쳐 학생들에게 인기가 많다. 원본의 피오나 공주와 비슷하게 해가지면 돼지로 변한다.

앨리수 : 앨리스 패러디. 원본의 앨리스와 다르게 주책이 심한 아줌마이다. 특기 마법은 몸의 크기 조절. 이를 이용해 동물, 식물에 대해 가르친다. 연재 중간 마법차를 마시고 성격이...

스미슨 : 스미스 요원 패러디. 가상현실을 이용해 수업을 가르친다. 굉장히 괴팍한 성격이다.

현민 : 머리가 노란 캐릭터. 샤를로트와 공식 커플이고, 막상 현민은 부정한다.

하늘 : 밍아와 샤를로트가 모두 좋아해 현민과 김선달은 질투를 하고 있다. 셩격이 좋다. 중간에 모자를 쓴 모습으로 바뀐다.

밍아 : 4차원 캐릭터. 혀에서 곰팡이를 배양하고 있다. (...)

샤를로트 : 부잣집 아가씨 캐릭터. 스미슨 선생님을 존경하고 있다. 위에 서술했듯이 현민과 커플이고, 역시나 샤를로트는 부정한다.

김선달 주니어 3세 : 청학동마을에서 온 멘사 출신 소년. 단행본 기준 4권에서 전학왔다. 봉이 김선달의 손자이다. 이름 자체는 루이 윌리암스 세바스찬 주니어 3세의 패러디. 첫 만남부터 현민이와 대판 싸웠다.[10] 원래 그림작가가 같은 동아일보 계열의 어린이대상 논술신문은 '수리수리 논술이'의 신나는 창의논술[11][12]에 등장하는 캐릭터였으나 이쪽으로 역수입되었다.

해그리들: 루베우스 해그리드 패러디 캐릭터. 학교의 수위이다. 전라도 사투리를 쓰고 있다.

어린 왕자: 소행성B612가 멸망된 후 동심을 잃어버려 갑자기 어른이 되었다는 설정이라 작중에서는 후줄근한 중년 노숙자 같은 모습이다. 그래서 해리포털과 학생들은 '다큰 왕자님'으로 부른다. 동심을 잃어버린 영향으로 2012년 지구멸망설과 사과나무 심을 여유도 없다는 등 지구도 자기가 살던 행성처럼 얼마 안 있으면 멸망할 거라는 허무주의적인 말을 자주 한다. 우주를 보는것을 두려워하고 있었으나 해리포털의 도움으로 우주를 본 후 돌아온 동심으로 다시 어린 모습으로 돌아와 자신이 새로 살 행성을 찾겠다고 말하며 철새떼에 매달려 떠난다.

초챙 : 해리포털의 전 여친. 이것 때문에 파오나 선생님이 질투한다. 해리포털이 학생일 당시 졸업 직전에 떠난다. 이때가 크리스마스 쯤인걸로 예상된다. 후 애피소드에 다시 해리포털에게 와서 해리포털을 이용하려 드는데, 이 때 흑마법을 쓴다는게 드러난다. 후 산에서 떨어진걸로 추정. 죽지는 않은거 같다.

잡지 연재때와 단행본의 대사가 일부 다른 부분이 있다. 대표적으로 물의 응고, 융해, 기화 에피소드에서는 물요괴의 짓으로 팔이 얼어붙어 마법을 쓸 수 없게된 해리포털이 토지의 조준구 흉내를 내면서 "허허. 용서해주시오. 물 좀 잘못 흘렸었거니..."라고 말하자 물요괴가 잡지 연재분에서는 "이~! 어디서 토지의 조준구 흉내를 내다니!"라고 태클을 거는 대사가 단행본에서는 "이~! 어디서 근엄한 척을!"로 변경되었다. 대상 독자인 초등학생들은 토지를 잘 모르니 바뀐 것으로 보인다.